تلقی تاریخی از ادیان الهی از جمله اسلام حداقل در شش محور با نظام حقوق بشر ناسازگارند: محور اول: عدم تساوي حقوقي غيرمسلمانان با مسلمانان؛ محور دوم: عدم تساوي حقوقي زنان با مردان؛ محور سوم: عدم تساوي حقوقي بردگان با انسان‌هاي آزاد؛ محور چهارم: عدم تساوي عوام با فقيهان درحوزه امورعمومي؛ محور پنجم: آزادي عقيده و مذهب و مجازات ارتداد؛ محور ششم: مجازات‌هاي خودسرانه، مجازات‌هاي خشن و شكنجه.

در این محورها موضع اسناد حقوق بشر در مقايسه با احكام اسلام تاريخي، قابل دفاع‌تر، عقلايي‌تر، اخلاقی تر، عادلانه‌تر و ارجح است و احكام اسلام تاريخي در این زمان در اين مواضع قابل پذيرش نيست. راه حلهای اسلام تاریخی برای رفع تعارض احکام شرعی با حقوق بشر، از قبیل شرائط ضمن عقد لازم، توسل به قواعد عسر و حرج و اضطرار، دست یازیدن به عنوان وهن اسلام، تعطیل برخی احکام شرعی در عصر غیبت و فقه المصلحه توان حل بنیادی مشکل را ندارند.

مباني نظري تعارض اسلام تاريخي با حقوق بشر عبارتند از: یک: حقوق واقعي انسان‌ها بخشي از مصالح نفس‌الامري است و در وضع احكام شرعي از سوي خداي حكيم به‌طور كامل لحاظ شده‌است. دو:كشف حقوق واقعي انسان‌ها توسط عقل انساني ممكن نيست، و تنها راه پرده‌برداري از اين حقوق مراجعه به متن شريعت و نقل وحياني است ولاغير. ناتواني و محدوديت جدي عقل انساني در درك همه‌جانبة مصاديق عدالت از نتایج این مبنای اساسی است. سه: احكام شرعي از آن رو که ناظر به مصالح و مفاسد خفيه نفس‌الامري می باشند، همگی فرا زماني و فرا مكاني هستند. چهار: انسان اگرچه بالقوه گوهري شريف دارد، اما بالفعل به ميزاني كه به محور كرامت و شرافت تقرب مي‌جويد صاحب منزلت مي‌شود و به ميزاني كه از اين محور الهي دور مي‌شود تنزل مي‌كند. حقوق واقعي انسان‌ها نيز به جايگاه ايماني و ديني او بازمي‌گردد. پنج: دنيايي ارزش دارد كه در خدمت آخرت قرارداشته ‌باشد. بنابراين طبيعي است كه امور دنيوي از جمله حقوق بشر در مقابل احکام شریعت ارزش ثانوي داشته ‌باشند.

اسلام معاصر در عین پای بندی به پیام جاودانه وحی الهی، اندیشه حقوق بشر را به دلیل عقلائی، اخلاقی و عادلانه بودن و برتریش براندیشه های رقیب می پذیرد و احکام معارض با آن در متن دین را احکامی می داند که اگرچه در عصر نزول عقلائی، عادلانه و برتر از راه حلهای رقیب بوده اند، اما امروز به دلیل از دست دادن این ضوابط (عقلائی بودن، اخلاقی بودن، عادلانه بودن، و برتری نسبت به اندیشه های رقیب) تکلیف فعلی محسوب نشده، در زمره احکام منسوخ (نسخ دائم یا موقت) به حساب می آیند. ضوابط یادشده تنها شرايط عصر نزول نيست. بلكه در هرعصري احكام شرعي غيرعبادي، مطابق عرف عقلاي همان عصر مي‌بايد تأمين‌كنندة چهار‌شرط فوق باشند. مخالفت يقيني حكمي با سيرة عقلاي دوران ما، یا مباینت با اصول اخلاقی در این دوران، يا تنافي با ضوابط عدالت در اين عصر، يا مرجوحيت در قبال راه‌حل‌هاي عصر جديد، كاشف از موقت‌بودن، غيردائمي‌بودن و به يك معني منسوخ‌شدن چنين احكامي در ظرف تعارض است. يعني چنين احكامي متناسب با مقتضيات عصر نزول بوده‌است نه از تشريعات دائمي و ثابت شارع. اجتهاد واقعی یعنی تمییز احکامی که مطابق مقتضای زمان و مکان و شرائط عصر نزول تشریع شده اند، از احکام ثابت و دائمی شرعی. معضل ناسازگاری حقوق بشر با اسلام، تنها با اجتهاد در مبانی و اصول و تحول در مبانی معرفت شناختی، دین شناختی، انسان شناختی و جهان شناختی این احکام قابل حل است.