حقّالنّاس: اسلام نواندیش و حقوق بشر، ویرایش دوم، إسن آلمان: نشر اندیشههای نو، دی ۱۴۰۱، ۵۳۰ صفحه.
دوران معاضدت و معاونت: مناسبات خمینی و منتظری (تا شهریور ۱۳۶۵). مجموعه استیضاح خبرگان و رهبران جمهوری اسلامی (۱۳۷۰-۱۳۶۱)، دفتر دوم. إسن آلمان: نشر اندیشه های نو، ۱۴۰۰. ۵۶۶ صفحه.
نورافشانی بر تاریکخانه خبرگان: نظارت در نطفه خفهشده و فاجعهی جدا کردن مرجعیت از رهبری! (۱۳۶۸-۱۳۶۱). مجموعهی استیضاح خبرگان و رهبران جمهوری اسلامی (۱۳۷۰-۱۳۶۱). إسن آلمان: نشر اندیشههای نو، ۱۳۹۹. ۴۴۰ صفحه.
حکمتستیزی و بیاخلاقی: مجموعه آثار آقا علی مدرّس (کار مجمع عالی حکمت اسلامی) در بوتهی نقد. اِسِن آلمان: نشر اندیشههای نو، ۱۳۹۹، ۲۱۶ صفحه.
انحراف انقلاب: إعلامیه ۱۲ شهریور ۱۳۵۹ سید ابوالفضل موسوی مجتهد زنجانی؛ مقدمه، تصحیح و تحقیق محسن کدیور؛ کتاب الکترونیکی، ویرایش دوم: فروردین ۱۳۹۹، ۱۳۷ صفحه.
به نام اسلام هرچه میخواهند میکنند، بازخوانی انتقادات شیخ بهاءالدین محلاتی از انحرافات اساسی جمهوری اسلامی، مرداد-آذر ۱۳۹۵، کتاب الکترونیکی: دی ۱۳۹۶، ۳۲۲ صفحه، مجموعهی مواجههی جمهوری اسلامی با علمای منتقد، دفتر چهارم
ندای سبز: روایتی از جنبش سبز مردم ایران، جلد اول: نوشتارها (۹۳-۱۳۸۸)، کتاب الکترونیکی، آبان ۱۳۹۳، ۴۷۸ صفحه
مجازات ارتداد و آزادی مذهب: نقد مجازات ارتداد و سبّالنبی با موازین فقه استدلالی؛ مجموعۀ اسلام و حقوق بشر: دفتر دوم؛ کتاب الکترونیکی، تیر ۱۳۹۳، ۴۰۶ صفحه
ابتذال مرجعیت شیعه: استیضاح مرجعیت مقام رهبری، حجتالاسلام والمسلمین سیدعلی خامنهای؛ اردیبهشت ۱۳۹۲، ویرایش سوم: خرداد ۱۳۹۳؛ ویرایش چهارم: اردیبهشت ۱۳۹۴، ۳۱۴ صفحه؛ مجموعهی افضلالجهاد: دفتر دوم.
استیضاح رهبری، ارزیابی کارنامهی بیست و یکسالهی رهبر جمهوری اسلامی در نامهی مورخ ۲۶ تیر ۱۳۸۹ به رئیس مجلس خبرگان رهبری همراه با واکنشهای آن، ویرایش دوم، اردیبهشت ۱۳۹۳، ۴۱۸ صفحه، مجموعۀ افضلالجهاد، دفتر اول.
انقلاب و نظام در بوتهی نقد اخلاقی: آیتالله سیدمحمد روحانی، مباهته و مرجعیت؛ ویرایش اول: اردیبهشت ۱۳۹۳؛ ویرایش دوم: آذر ۱۳۹۴؛ ۲۳۳ صفحه، مجموعهی مواجههی جمهوری اسلامی با علمای منتقد، دفتر سوم.
فراز و فرود آذری قمی: سیری در تحول مبانی فکری آیت الله احمد آذری قمی، بهار ۱۳۹۲، ویرایش دوم بهمن ۱۳۹۲، ۴۸۶ صفحه، مجموعهی مواجههی جمهوری اسلامی با علمای منتقد، دفتر دوم.
اسنادی از شکسته شدن ناموس انقلاب: نگاهی به سالهای پایانی زندگی آیت الله سیدکاظم شریعتمداری، پائیز ۱۳۹۱، همراه با نقدها: دی ۱۳۹۲؛ ویرایش دوم: اردیبهشت ۱۳۹۴، ۴۴۷ صفحه؛ مجموعهی مواجههی جمهوری اسلامی با علمای منتقد، دفتر اول.
سوگنامهی فقیه پاکباز استاد منتظری، دی ۱۳۹۲، ویرایش دوم: مرداد ۱۳۹۴، ۴۲۷ صفحه
در محضر فقیه آزاده استاد منتظری، اسفند ۱۳۸۸؛ ویرایش سوم: مرداد ۱۳۹۴، ۴۰۴ صفحه.
شریعت و سیاست: دین در حوزه عمومی، تهران، ۱۳۸۸، ۴۵۷ صفحه.
حق الناس: اسلام و حقوق بشر، انتشارات کویر، تهران، مهر ۱۳۸۷، چاپ پنجم: فروردین ۱۳۹۳، ۴۳۶ صفحه.
سیاستنامهی خراسانی: قطعات سیاسی در آثار ملا محمدکاظم خراسانی صاحب کفایه (۱۳۲۹ - ۱۲۵۵ق)؛ انتشارات کویر، تهران، ۱۳۸۵؛ چاپ دوم: ۱۳۸۷؛ ۳۸۲ صفحه؛ مجموعهی اسناد پیشگامان اسلام سیاسی در ایران معاصر (۱).
دغدغههاي حكومت ديني، نشر ني، تهران، خرداد ۱۳۷۹؛ چاپ دوم: آبان ۱۳۷۹، ۸۸۳ صفحه.
حکومت انتصابی، ۸۰-۱۳۷۹، ویرایش دوم: ۱۳۸۹؛ تصحیح جدید: اردیبهشت ۱۳۹۳؛ ۳۱۶ صفحه؛ اندیشهی سیاسی در اسلام (۳).
حکومت ولایی، نشر نی، تهران،۱۳۷۷؛ ویرایش دوم: ۱۳۸۰؛ چاپ پنجم، ۱۳۸۷؛ ۴۴۳ صفحه؛ اندیشهی سیاسی در اسلام (۲).
نظريههاي دولت در فقه شيعه، نشر نی، تهران، ۱۳۷۶، چاپ هفتم: ۱۳۸۷، ۲۲۳ صفحه؛ اندیشهی سیاسی در اسلام (۱).
"بهای آزادی": دفاعيات محسن كديور در دادگاه ويژه روحانيت، به كوشش زهرا رودي (كديور)، تهران، نشر ني، خرداد ۱۳۷۸، چاپ پنجم: تير ۱۳۷۹، ۲۴۸ صفحه.
دفتر عقل: مجموعه مقالات فلسفي كلامي، انتشارات اطلاعات، تهران، ۱۳۷۷؛ چاپ دوم، ۱۳۸۷، ۴۸۳ صفحه.
مناظرهی عبدالکریم سروش و محسن کدیور دربارهی پلورالیزم دینی، انتشارات روزنامهی سلام، تهران، بهار ۱۳۷۸، ۱۰۳ صفحه.
مجموعه مصنّفات حكيم مؤسس آقا علي مدّرس طهراني، تهران: انتشارات اطلاعات، ۱۳۷۸.
(جلد اول): تعليقات الاسفار، ۷۸۲ صفحه.
(جلد دوم): رسائل و تعليقات، ۵۷۸ صفحه.
(جلد سوم): رسائل فارسي، تقريظات، قطعات، تعليقات نقليه، تقريرات و مناظرات، ۵۷۷ صفحه.
مأخذ شناسي علوم عقلي: منابع چاپی علوم عقلی از ابتدا تا ۱۳۷۵، با همكاري محمّد نوري، تهران: انتشارات اطلاعات، ۱۳۷۹،سه جلد، ۳۴۱۸ صفحه.
