آیت الله سید محمد روحانی شاخص ترین مخالف آیت الله خمینی و نهضت اسلامی در بین سالهای ۱۳۴۴ تا ۱۳۵۶ در حوزه‌ی علمیه‌ی نجف بوده است. وی در نجف در مخالفت، تضعیف و ایذاء سید روح الله موسوی خمینی به دلیل سیاسی و انقلابی بودنش چیزی فروگذار نکرد. برخی اطرافیان آیت الله خمینی هم در مرداد ۱۳۴۹ و خرداد ۱۳۵۰ سه بهتان و افترای زشت به شخص آیت الله روحانی به شکل وسیعی منتشر کردند، که باعث شد سید روحانی از حیّز انتفاع ساقط شود. متاسفانه از سوی آیت الله خمینی نه تنها برخورد تنبیهی مناسبی با مفتریان و جاعلان و بهتان زنندگان صورت نگرفت بلکه برخی از آنها مسئول تدوین تاریخ انقلاب شدند.
یکی از اوراق سیاه پرونده‌ی جمهوری اسلامی در حوزه‌ی مرجعیت اعمال فشار و ممانعت از مرجعیت مرحوم آیت الله سید محمد روحانی است. مطابق ضوابط سنتی حوزه های شیعی آن مرحوم در دهه‌ی هفتاد شمسی در مظان اعلمیت بوده است. اینکه یک مجتهد نهایتا متجزی (به قول مرحوم آیت الله آذری قمی) به زور قدرت سیاسی اعلام مرجعیت کند و مانع از مرجعیت رسمی مجتهد مطلقی که در مظان اعلمیت است بشود جدّاْ نوبر است.
انقلاب و نظام در بوته‌ی نقد اخلاقی
مقدمه
بخش اول: اخلاق و سیاست در حوزه‌ی نجف (۵۶-۱۳۴۴)
فصل اول. روایت عضو دفتر استفتاء آیت الله خمینی
فصل دوم. روایت روحانیون جوان انقلابی نجف
فصل سوم. روایت مورخ رسمی «نهضت امام خمینی»
فصل چهارم. روایت زائر انقلابی نجف
انقلاب، اخلاق و مباهته
فصل پنجم. گزارش تکان‌دهنده‌ی سید منیر مقلد آیت الله خمینی
فصل ششم. روایتهای نماینده و عضو دفتر آیت الله خمینی
فصل هفتم. بیانات آیت الله خمینی
فصل هشتم. آیت الله روحانی از منظر دیگر
جمع بندی بخش اول
نقد اخلاقی انقلاب و جمهوری اسلامی
فصل نهم. اسناد تازه ای درباره‌ی غفلت از موازین اخلاقی در حوزه‌ی نجف (در سالهای ۵۶-۱۳۴۴)
– دو نامه‌ی تاریخی از آیت الله خمینی درباره‌ی آیت الله سید محمد روحانی
بخش دوم: آیت الله روحانی و مرجعیت شیعه (در سالهای ۷۶-۱۳۷۱)
فصل اول. مرجعیت شیعه پس از وفات آیت الله خویی
فصل دوم. تضییقات مراجع ناراضی پس از اعلام مرجعیت رهبری
فصل سوم. تضییقات خاص مرجعیت آیت الله روحانی
بخش سوم: درگذشت آیت الله روحانی (مرداد ۱۳۷۶)
الف. درگذشت
ب. تشییع و تدفین
ج. ترحیم
د. چهلم
بخش چهارم: انقلاب و نظام در بوته‌ی نقد اخلاقی
فصل اول. نقد اخلاقی آیت الله روحانی در نجف
فصل دوم. نقد اخلاقی آیت الله خمینی در نجف و تهران
فصل سوم. نقد اخلاقی دخالت جمهوری اسلامی در مرجعیت شیعه
کلام پایانی
دی ۱۳۹۲
