محسن کدیور اندیشمند دینی و استاد دانشگاه با تمجید از نقش آیت الله طاهری اصفهانی، امام جمعه فقید اصفهان، او را “مردی از جنس منتظری و طالقانی” خواند و گفت که مرحوم طاهری امام جمعه طبیعی مردم بود نه امام جمعه نظام.
کدیور در گفت و گویی با شبکه آنلاین بیست و پنج خرداد به نامه استعفای تاریخی آیت الله طاهری اشاره کرد و گفت: نماز جمعه طاهری به توصیه مرادش مرحوم آیت الله منتظری سال ها قبل از انقلاب در ایران اقامه شد. او نخستین امام جمعه قبل از انقلاب بود و او امام جمعه طبیعی مردم بود نه امام جمعه نظام. وقتی هم که احساس کرد نظام از مردم فاصله گرفته است، نامه نوشت و در آن از مردم عذرخواهی کرد و با صراحت بر نقطه های ضعف جمهوری اسلامی انگشت گذاشت و مردانه نیز کناره گیری کرد.
کدیور نامه هقده تیر ۱۳۸۱ آیت الله طاهری را از اسناد ماندگار جمهوری اسلامی دانست و گفت: این نامه در شرایطی منتشر شد که گرد مرگ بر حوزه های علمیه پاشیده شده بود. اعلم مراجع تقلید، آیت الله منتظری به جرم حق گویی، دفاع از حقوق ملت و افشاکردن دیکتاتوری نزدیک پنچ سال در حصر بود. آیت الله طاهری نخستین شخصیتی بود که با صراحت اعتراض کرد و گفت که این کار غیر قانونی، غیر شرعی و غیراخلاقی است. رژیم نیز بیش از چند ماه نتوانست مقاوت کند. تیرماه این نامه نوشته شد و بهمن ماه آیت الله منتظری در پی بیماری و ترس حکومت از مرگ ایشان در حصر، این حصر غیرقانونی را برداشت. و اگر آن نامه تاریخی نمی بود، آیت الله منتظری بیش از پنج سال و چندین ماه در حصر می ماند. مردم این امور را فراموش نمی کنند.
او با اشاره مجدد به نامه آیت الله طاهری، آن را یکی از اسناد زرین مقاومت ملت ایران علیه خودکامگی و علیه نقض ضوابط شرعی در حوزه مرجعیت و حوزه ولایت خواند و گفت: سید جلال الدین طاهری منتقد طراز اول ولایت جائر بود. به همین دلیل بعد از نگارش آن نامه، خانه نشین شد و از پذیرش سمت رسمی پرهیز کرد.
این اندیشمند دینی به همراهی آیت الله طاهری و آیت الله منتظری برای جلوگیری از اقدامات غیر قانونی و غیر اخلاقی آیت الله خامنه ای اشاره کرد و گفت: با اینکه مرجعیت خلاف شرع و خلاف اخلاق و خلاف ضوابط دینی مقام رهبری آذر هفتاد و سه اتفاق افتاده بود، آیت الله منتظری در سال هفتاد و شش اعتراض کرد. به دو دلیل اول آنکه رای مردم به دولت اصلاحات فضای مناسبتری ایجاد کرده بود. دوم آنکه آیت الله منتظری از آیت الله آذری آنچنان که در خاطراتش نوشته شنیده بود که مقام رهبری هوس مرجعیت اعلا کرده است. یعنی می خواهد تنها مرجع رسمی جامعه باشد. لذا آیت الله منتظری احساس تکلیف کرد که به این خواست فردی که هنوز اجتهادش اثبات نشده است و یقینا صلاحیت مرجعیت ندارد اعتراض کند. در این مسیر، آیت الله طاهری نیز سخن منتظری را تایید کرد.
این استاد دانشگاه، حمایت های مرحوم طاهری را در چند مقطع دیگر نیز تعیین کننده خواند و گفت: امام جمعه فقید اصفهان، سال ۱۳۷۶ از نامزدی سید محمد خاتمی دفاع کرد. در سال ۸۸ نیز به تقلب رسمی در انتخابات و برکشیدن محمود احمدی نژاد، به عنوان گزینه مسلم مقام رهبری اعتراض کرد. او از میرحسین موسوی به صراحت دفاع کرد. سید جلال الدین طاهری یکی از مدافعان موسوی و کروبی بود. او از مدافعان و حامیان جنبش سبز ملت ایران بود. او یک روحانی سبز بود از جنس آنها که مردم دوست دارند در حوزه های علمیه در منبرها و در محراب ها بیشتر مشاهده کنند.
کدیور مرحوم آیت الله طاهری را “همان عالم ربانی که در نهج البلاغه توصیف شده” خواند و او را مردی از جنس منتظری و طالقانی توصیف کرد که از میان مردم برخواسته و اهل ریا نبود، به نام دین دکان باز نکرد، و آنچه گفت عمل کرد.
کدیور افزود: طاهری وقتی که مردم را تشویق به حضور در جبهه های دفاع از دین و میهن می کرد، خود قبل از دیگران در جبهه حضور داشت. فرزند او شهید سید علی طاهری جزء نخستین شهدای جنگ ایران علیه تجاوز صدام حسین بود. هرگاه که عملیاتی در جبهه های جنگ نزدیک بود فرماندهان لشکرهای اصفهان از او دعوت می کردند و او می رفت و به رزمندگان روحیه می داد. بچه های اصفهان می دانستند حضور طاهری یعنی چندساعت دیگر به حمله باقی نمانده است.