فصل دهم: مخالفت مراجع با مرجعیت رهبری
مرحوم آیت‌الله سید‌محمدحسین فضل‌الله در بیروت آن‌چنان‌که در مصاحبۀ خود تصریح کرده است به مقام مرجعیت و افتای جناب آقای خامنه‌ای باور نداشت، و به همین دلیل در معرض تخریب شخصیت قرار گرفت. آیت‌الله موسوی اردبیلی در دی ۱۳۷۲ در خطبه‌های آخرین نمازجمعه‌اش انتصاب مرجع توسط مرجع سابق را خلاف رویّۀ سنتی شیعه دانست و تصریح کرد که هیچ‌یک از مراجعِ درگذشتۀ پس از انقلاب ازجمله آیت‌الله خمینی کسی را برای پس از خود تعیین نکرده‌اند.
آیت‌الله منتظری در آبان ۱۳۷۳ توسط آیت‌الله محمد مؤمن قمی به جناب آقای خامنه‌ای کتباً پیغام می‌دهد و ایشان را از دست یازیدن به حوزه‌هایی که شرعاً صلاحیت آن‌ها را ندارد یعنی افتاء، مرجعیت و تصرف در وجوه شرعیه برحذر می‌دارد. ایشان از نفی استقلال حوزه‌های علمیه توسط نهادهای امنیتی تحت امر رهبری یعنی دادگاه ویژۀ روحانیت، وزارت اطلاعات و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی شدیداً ابراز نگرانی می‌کند و برای نخستین‌بار از تشکیل معاونت روحانیت و مرجعیت در وزارت اطلاعات دوران علی فلاحیان با معاونت فردی به نام فلاح‌زاده خبر می‌دهد که دو وظیفه برایش تعریف شده است: یکی تخریب و حذف و تضعیف مراجع مستقل و منتقد، دیگریمطرح کردن و جاانداختن مرجعیت مقام رهبری. آن هفت گواهی‌نامه نخستین دستاورد این معاونت وزارت اطلاعات بود. حداقل پنج نفر از اعضای جامعۀ مدرسین حوزۀ علمیۀ قم آقایان مؤمن قمی، طاهری خرم‌آبادی، طاهر شمس، آذری قمی و مشکینی با مرجعیت آقای خامنه‌ای مخالف بوده‌اند.
آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی به دلیل مخالفت با مرجعیت رهبری در مرداد ۱۳۷۸ پس از ۲۰ سال عضویت فقهای شورای نگهبان مجبور به استعفا می‌شود. وی از سال ۱۳۷۳ مخالفت خود را با مرجعیت رهبری به اطلاع آقای خامنه‌ای و اعضای جامعۀ مدرسین و برخی مقامات وزارت اطلاعات رسانده بود. آیت‌الله حسین وحید خراسانی در ابتدای درس خارج ۲۰ فروردین ۱۳۹۳ در مسجد اعظم قم بدون ذکر نام آقای خامنه‌ای کوشش‌های کسانی که با یک جفتک آیت‌الله می‌شوند، با یک جفتک دیگر آیت‌الله‌العظمی می‌شوند و اکنون با جفتک سوم می‌خواهند مرجع اعلم شوند را به‌شدت محکوم کرد.
