۱. براساس منابع موجود(که غالب آن‌ها متعلق به پیروان آیت‌الله خمینی است) نتیجۀ تحقیق حکایت از آن دارد که آغاز کنندۀ نزاع در حوزۀ نجف آیت‌الله روحانی و بیت ایشان بوده است.

۲. منازعه با رقابتی صنفی بین حوزۀ نجف و قم آغاز می‌شود. «نجفی‌ها» با تکیه بر سابقۀ درخشان اصول فقه در این حوزه «قمی‌ها» – که اصولی‌های معتدل‌تری بوده به فهم عرفی و تعادل اخبار بیشتر متمایلند – بلکه مطلق اهل علمِ «نجف ندیده» را، کم‌سواد یا بی‌سواد قلمداد می‌کردند. نخستین تعریض سیدِ روحانیِ نجفی به سیدِ خمینیِ قمی ضعف دانش فقهی اصولیِ فقیهِ قمی است. براساس منابع موجود در این نزاع حق با مرحوم آیت‌الله روحانی نیست و وی اخلاق علمی را نقض کرده است.

۳. دومین اتهام مرحوم آیت‌الله خمینی (پس از قمی بودن و نجف ندیدن!) سیاسی بودن وی است. برای فقیهی که دین را جدا از سیاست می‌داند، آخوند سیاسی بودن یعنی آخوندی که به‌جای پرداختن به فقه و اصول وقتش را با فعالیت سیاسی «تلف» کرده است، پس سیاسی بودن دلیل دوم بی‌سوادی این سیدِ تازه به نجف رسیده است. از این بدتر سیدِ خمینی با تنها شاه شیعۀ جهان درافتاده است. تضعیف سلطان شیعۀ ذی‌شوکت حرام است! او به همین دلیل ازسوی شاهنشاه اسلام‌پناه از ایران تبعید شده است. آیت‌الله خمینی با چنین ذهنیت عقب‌افتاده‌ای در نجف مواجه بوده است. بااینکه سیدِ روحانی حوالی سال ۱۳۳۴ کوشید از اعدام نواب صفوی و فدائیان اسلام جلوگیری کند، اما در دهه‌های چهل و پنجاه جز این اقدامات ایذائی نسبت به روحانیون سیاسی از وی مشاهده نشده است.

۴. حاصل این دو اتهام از رونق انداختن درس این فقیه سیاسی تبعیدی است. طلبۀ باسواد که به چنین درسی نمی‌رود! فضلای انگشت‌شماری این تحریم نانوشته را شکستند و به درس آیت‌الله خمینی رفتند و از اصحاب دفتر استفتای وی شدند. همان‌ها هم آماج تهمت بی‌سوادی قرار گرفتند. اما نجف به تدریسِ سیدِ انقلابی خوش‌آمد نگفت و اگر طلاب جوان انقلابیِ ایرانی – اعمّ از آن‌ها که قبلا در نجف بودند و آن‌ها که به عشق روشن نگاه داشتن نفَس حاج‌آقا روح‌الله روانۀ نجف شده بودند – نبودند، درس آیت‌الله خمینی تعطیل شده بود. همین طلاب جوانِ انقلابی درس خارج فقه عالم تبعیدی را زنده نگاه داشتند، هرچند خالی بودن آن از فضلای بحّاث را بیت آیت‌الله خمینی نتیجۀ منطقی اقدامات سازمان یافتۀ مخالفان می‌دانست. انصاف مطلب این است که درس آیت‌الله خمینی از بسیاری از دروس آن روز نجف چیزی کم نداشت و فارغ از مبارزات سیاسی، او فقیه اصولی فاضلی بود. تربیت شاگردانی از قبیل منتظری و مطهری ازیک‌سو و کتب فقهی اصولی او ازسوی‌دیگر شاهد صادق فضل اوست.

۵. با اینکه اکثر بزرگان نجف در نخستین روزهای ورود آیت‌الله خمینی به دیدار وی شتافتند، ازجمله مرحوم آیات حکیم، خوئی و شاهرودی، و فقیه تبعیدی نیز بازدید همه را پس داد، اما معدودی از فقهای نجف که تعدادشان به انگشتان یک دست هم نمی‌رسید به ملاقات آیت‌الله خمینی نرفتند. یکی از آن‌ها که ترجیح داد حرمت میهمان مظلوم نجف را رعایت نکند مرحوم آیت‌الله روحانی بود. او به بهانۀ کمبود وقت به ملاقات سیدِ تبعیدی نرفت. این کم‌لطفی از دید طلاب انقلابی اطراف آیت‌الله خمینی مخفی نماند. علاوه‌برآن بیت سیدِ روحانی به کانون شایعه و کارشکنی و جوّسازی علیه علما و طلاب مبارز اعمّ از آیت‌الله خمینی، فرزندش سیدمصطفی و طلاب جوان اطراف وی تبدیل شده بود. روابط عمومی قوی وی در نجف به کمک مجالس زنانه، فضا را بر مبارزان بسیار سخت و سنگین کرده بود. سیدِ تبعیدی حق داشت که بنویسد آن سال‌ها از این‌گونه روحانیون خون دل خورده و دم نزده است.

۶. مبارزان ایرانی در نجف در دهۀ چهل و پنجاه از دو ناحیه تحت فشار بودند، یکی همانند بقیۀ مردم ایران تحت فشار دیکتاتوری پهلوی دوم و بی‌اعتنائی‌اش به حقوق و مصالح ملی، و دیگری جوّ فشار مضاعفی که توسط امثال آقاسیدمحمد روحانی بر آقاسیدروح‌الله و طلاب جوان انقلابی در نجف ایجاد شده بود. مبارزان آیت‌الله روحانی و رژیم پهلوی را همسو می‌دانستند. هر دو جریان عرصه را بر علما و طلاب مبارز تنگ کرده بودند. آیت‌الله روحانی رابطۀ حسنه‌ای با سفیر دولت شاهنشاهی در نجف داشت، علاوه بر آن مقامات حکومتی ایران که به عراق می‌رفتند با وی دیدار می‌کردند. این روابط حسنۀ سفیر و مقامات حکومتی البته منحصر به وی نبود، بسیاری از دیگر مراجع و فقها هم با سفیر و مقاماتِ تنها حکومت شیعۀ جهان روابط حسنه‌ای داشتند. این روابط حسنه طریق دیگری برای فشار بر آیت‌الله خمینی و یاران مبارزش بود.

۷. سال‌های ۱۳۴۴ تا ۱۳۴۹ در مجموع با فشار فراوان بر آیت‌الله خمینی و یاران جوان انقلابی‌اش همراه بود. در پنج سال نخست نجف آیت‌الله سیدمحمد روحانی کانون اصلی فشار و تضییقات برای سیدِ تبعیدی و طلاب مبارز بود. نتیجۀ تحقیق حکایت از مظلومیت فقیه معترض تبعیدی و یاران مبارزاش ازیک‌سو و جوّسازی و ایجاد سوءظن و شایعه‌سازی برای آیت‌الله خمینی، فرزندش آقاسیدمصطفی و روحانیون مبارز نجف ازسوی‌دیگر دارد. این فشارها گاهی به دستگیری برخی از مبارزان توسط مأموران ساواک با همکاری معدودی از مرتبطین یا شاگردان آیت‌الله روحانی می‌انجامید. در مدارک موجود از جانب بیت آیت‌الله خمینی یا طلاب اطراف وی در این مقطع اقدام غیراخلاقی چشمگیری مشاهده نشده است.

۸. آقاسیدمحمد دو برادر روحانی متفاوت کوچکتر از خود داشت. آقاسیدصادق روحانی مجتهدی مبارز در حوزۀ علمیۀ قم بود که در رده بعد از آیات ثلاثه شریعتمداری، گلپایگانی و نجفی مرعشی فقیه مطرحی بود و در سال‌های ۵۶ و ۵۷ اعلامیه‌های انتقادی متعددی صادر کرد و حتی در طول مبارزاتش به زندان افتاد. سیدمهدی روحانی برادر کوچکتر متأسفانه از روحانیون درباریِ مستخدم حکومت ایران و از سال ۱۳۳۷ به‌عنوان نمایندۀ مذهبی شیعیان اروپا مقیم پاریس بود. در آن زمان ذهنیت مبارزان همسویی و همراهی برادر بزرگتر و برادر کوچکتر یعنی آقاسیدمحمد و سیدمهدی بود و چه‌بسا منش و روش سیدمهدی باعث ایجاد برخی ذهنیت‌ها در مورد آقاسیدمحمد شده باشد.

۹. دو طلبۀ جوان انقلابی در مرداد ۱۳۴۹ به قصد بدنام کردن آیت‌الله سیدمحمد روحانی چکی از بانک رافدین عراق را ازسوی حکومت ایران در وجه وی جعل می‌کنند، آن‌ها ادعا می‌کردند که پستچی اشتباهاً آن‌را به آدرس یکی از این دو طلبه آورده است، منتهی در چک اشتباهاً به‌جای دینار عراقی ریال ایرانی نوشته بودند و همین امر موجب لو رفتن آن‌ها شد. جلال‌الدین فارسی که در آن زمان به نجف رفته بود نقل کرده که این شایعه در نجف بر سر زبان‌ها بوده است که تا ۱۵ سال بعد (زمان گزاش وی) عده‌ای آن‌را باور کرده بودند. وی به نام جاعلان اشاره نمی‌کند. آیت‌الله خاتم یزدی عضو دفتر استفتاء آیت‌الله خمینی به نام دو نفر (سیدحمید روحانی زیارتی، محمدحسن املائی و تعدادی از دوستانشان) اشاره می‌کند که ادعا کرده بودند از سفارت ایران در عراق پول دریافت کرده است، وی البته تذکر می‌دهد که من از صحّت و سقمش بی‌اطلاعم. حجت‌الاسلام عمید زنجانی در خاطراتش نوشته که در آن زمان در نجف مشهور بود که دو نفر از دوستان امام حجج اسلام روحانی زیارتی و دعائی نامه‌ای به سیدمحمد نسبت داده بودند که نشانگر ارتباط وی با ساواک بوده است. سیدحمید روحانی زیارتی مورخ رسمی انقلاب اسلامی در جلد سوم کتاب نهضت امام خمینی که ۲۲ سال بعد از واقعه منتشر شده تصریح می‌کند که شایعه‌ای که در نجف اشرف بر سر زبان افتاده بود که ساواک برای سیدمحمد روحانی پول فرستاده از دروغ‌هایی بود که به‌عنوان واکنش در برابر برخورد او با امام و روحانیان مبارز آن حوزه ساخته و پراکنده شد. [این توطئه‌ها را] می‌توان برخاسته از «نفسانیات» دو طرف درگیر دانست که از خودسازی و «تهذیب نفس» بیگانه بودند و ازاین‌رو در پرخاش به امام و نیز در پشتیبانی از او به کژراهه دچار می‌شدند و از مرز واقعیت‌ها دوری می‌گزیدند. البته نامبرده به نقش خود در این جعل اشاره نمی‌کند. حجت‌الاسلام دعائی هم در سال ۱۳۸۴ به اشتباه خود در «تأیید اعلامیه‌ای مبنی بر دریافت بودجه از سفارت توسط مرحوم آقاسیدمحمد روحانی» اقرار می‌کند بی‌آنکه به تهیه‌کنندگان آن اعلامیه اشاره کند.

۱۰. شیخ‌الشریعة عضو دفتر آیت‌الله خمینی در نجف و قم تصریح می‌کند: «انقلابیونی مثل مرحوم سیدمنیرالدین حسینی شیرازی که داعیه‌های عجیبی دربارۀ رنسانس در صنعت داشت، رفتار خوبی با آقاسیدمحمد روحانی نداشتند و برای تخریب وی جعل سند کردند که آقای حمید روحانی هم در کتابش به آن اشاره کرده است.»وی در ادامه می‌گوید: «آقا منیرالدین هم در خاطراتش این اقدام خود را لو داده و آگاهان متوجه منظور ایشان می‌شوند.» اشارۀ وی به این بخش خاطرات آقامنیر است: «آقا سیدمحمد روحانی مطلبی را طرح کرد که خبر آن را یکی از ارادتمندان حضرت امام که در زمرۀ شاگردان آقامصطفی بود، به گوش ما رساند. اینجا بود که احساس وظیفه کردیم که باید در مقابل آقای روحانی موضع بگیرم. من برای اینکه مطمئن شوم امام با این موضع‌گیری موافق هستند نزد ایشان رسیدم و نام آقای روحانی را بردم، امام سکوت کردند.» وی آنگاه با نقد سخن سیدحمید روحانی زیارتی در اینکه شایعۀ مزبور از پایه بی‌اساس بوده، تصریح می‌کند: «اگر کسی آب به آسیاب ابلیس ریخت، نفس همین امر برای انتساب به ساواک کافی و از هر سندی بالاتر است. ما با ساواک برای چه مخالف بودیم؟ یا با آمریکا؟ آیا جز این بود که با دستگاه خدا مخالفت می‌کردند؟… ایشان [سیدمحمد روحانی] از این اصول تخطی کردند، و ما هم طبق این خطا با ایشان [سیدمحمد روحانی] برخورد کردیم.»

۱۱. اینکه جاعلان چک سیدمنیرالدین حسینی هاشمی شیرازی و سیدحمید روحانی زیارتی یا کس دیگری بوده‌اند، مهم نیست. هر چند زیارتی ۲۲ سال بعد به اشتباه بودن این افترا اعتراف کرده و سیدمنیرالدین در حالی از دنیا رفت که فکر می‌کرد درست عمل کرده بود! مهم این است که اولاً جاعلان یقیناً از طلاب جوان انقلابی اطراف آیت‌الله خمینی بوده‌اند. ثانیاً فضای تنازع به قدری آماده بود که نه تنها این شایعه در آن زمان تلقی به قبول شد بلکه تا ربع قرن بعد هم عده‌ای آن را باور می‌کردند.

۱۲. آیت‌الله خمینی و فرزندش یقیناً از اینکه برخی طلاب طرفدار وی سیدمحمد روحانی را به گرفتن پول از حکومت ایران توسط چک مورد بحث متهم کرده‌اند در همان مرداد ۱۳۴۹ مطلع شده است. بسیار مستبعد است که چنین شایعه‌ای به گوش ایشان نرسیده باشد. اما نکتۀ مهم‌تر پرسش از زمانی است که ایشان به جعلی بودن چک پی‌برده‌اند. متأسفانه هیچ اطلاعات مستندی دراین‌زمینه در دست نیست. اگر گزارش جلال‌الدین فارسی که در آن زمان به قصد دیدار با ایشان به نجف رفته است را ملاک قرار دهیم با توجه به جملۀ «دروغ آشکاری بود که هیچ عاقلی و منصفی آن‌را باور نمی‌کرد» و اینکه آیت‌الله خمینی هم عاقل بود و هم منصف و علاوه بر آن نیک می‌دانست مراجع و فقها با تکیه بر سهم امام به مواجب حکومتی نیازمند نیستند چگونه می‌توانست چنین دروغ آشکاری را باور کرده باشد و با توجه به زکاوت وی فریب نخوردن وی در این توطئه بسیار محتمل است. اگر بنا را بر پی‌بردن ایشان به واقعیت قضیه در همان زمان بگذاریم آنگاه نکتۀ سوم مطرح می‌شود: ایشان یا حتی فرزندشان آقاسیدمصطفی چه موضعی در قبال جاعلان چک و مباهته و افترای به رقیب گرفته‌اند؟ اگر ایشان از این فعل خلاف شرع و اخلاق نهی کرده بودند چگونه عضو دفتر استفتای ایشان آیت‌الله خاتم یزدی بعد از نقل واقعه و حتی اشاره به نام برخی کارگردانان آن از صحّت و سقم قضیه اظهار بی‌اطلاعی می‌کند؟ چگونه جلال‌الدین فارسی به چنین نهی‌ای اشاره نمی‌کند؟ چگونه سیدحمید روحانی زیارتی در مورد ماجرای جعل چک و اتهام بی‌اساس پول گرفتن سیدمحمد روحانی مطلقاً اشاره‌ای به مواضع آیت‌الله خمینی یا فرزندش نمی‌کند (حال آن‌که در مورد دو اتهام دیگر به ناخشنودی ایشان اشاره می‌کند که خواهد آمد). چگونه شیخ‌الشریعة هم چنین نکتۀ مهمی را علیرغم اشاره به بسیاری جزئیات نقل نکرده است؟ اگر کمترین نهی‌ای از جانب ایشان صورت گرفته بود، آیا ده سال بعد امام‌جمعۀ رشت و نمایندۀ رهبر انقلاب در گیلان آیت‌الله لاهوتی با قاطیت ادعا می‌کرد «سیدمحمد روحانی در زمان شاه سابق از سفارت ایران در بغداد پول می‌گرفت و سند آن نیز موجود است»؟ متأسفانه همۀ این قرائن مؤید این ادعاست که دلیلی بر نهی آیت‌الله خمینی از بهتانی که ازجانب اطرافیانش به سیدمحمد روحانی زده شد در دست نیست. البته اینکه منیرالدین قبل از اجرای این نقشۀ شیطانی آیت‌الله خمینی را در جریان گذاشته و با سکوت دالّ بر رضای ایشان نقشۀ خود را عملی کرده با مجموعۀ قرائن تحقیق ازجمله شخصیت خاص گوینده قابل پذیرش و تأیید نیست.

۱۳. سیدمنیرالدین در توجیه کار خود به جمله‌ای از آیت‌الله خمینی در درس‌های حکومت اسلامی در نجف استناد می‌کند: «عمامه از سرِ روحانیون درباری بردارید و آنان را متهم به بی‌دینی کنید!» وی سیدمحمد روحانی را مصداق روحانیون درباری دانسته و جعل سند برای وابستگی یعنی پول گرفتن از حکومت ایران را اجرای فرمان فوق دانسته است. اما در دروس ولایت آیت‌الله خمینی «متهم کردن به بی‌دینی» نیامده، هرچند «رسوا کردن و بی‌آبرو کردن روحانیون درباری» آمده است. بسیار بعید است که استاد اخلاق، عرفان و فقه رسواکردن و بی‌آبروکردن را شامل «مباهته و افترا» دانسته باشد. اما تردیدی نمی‌توان کرد که اولاً برخی شاگردان وی متأسفانه چنین تعمیمی را از کلام استاد برداشت کرده بودند (یعنی تعمیم رسواکردن و بی‌آبروکردن با اتهامات واقعی به اتهامات خلاف واقع یعنی مباهته و افترا)، ثانیاً بااینکه مستبعد است ایشان از این تعمیم اطرافیان خود بی‌اطلاع مانده باشد، چگونه این تعمیم را محکوم نکرده است؟ تردیدی در این نیست که در سال ۴۹ این بهتان رقیبِ همسو با رژیمِ شاهنشاهی را برای آن‌ها که از واقعیت امر بی‌خبر بوده‌اند رسوا و بی‌آبرو کرده است. به بیان دیگر این مباهته به مصلحت موقت نهضت و انقلاب بوده است. آیا می‌توان همچنان‌که بر مبنای ایشان مصلحت نظام اوجب واجبات است، مصلحت انقلاب را نیز اوجب واجبات دانست؟ در هر دو مقطعِ نهضت و نظام اطلاقِ ولایت می‌توانست امور خلاف اخلاق و خلاف شرع را مجاز کند مادامی‌که مصلحتی در آن باشد. اصولا مگر ولایت مطلقه جز این است؟

۱۴. سیدحمید روحانی زیارتی در کتاب نهضت امام خمینی گزارش کرده است که در خرداد ۱۳۵۰ دو نشریۀ ماهنامۀ ۱۶ آذر متعلق به کنفدراسیون جهانی محصّلین و دانشجویان ایرانی و ایران آزاد از ارگان‌های جبهۀ ملی برون‌مرزی در اروپا مدعی می‌شوند که سیدمحمد روحانی قمی «از مزدوران دستگاه جاسوسی ایران در نجف» در رأس «شبکه‌ای که قصد قتل آیت‌الله خمینی را داشته» توسط دولت عراق کشف شده است. روحانی زیارتی با ظرافت به منبع این خبر اشاره کرده است: «گزارشی را که به نظر می‌رسد ازسوی برخی از روحانیون مبارز نجف دریافت داشته». روحانیون مبارز نجف حدود ۲۵ نفر از طلاب جوان انقلابی طرفدار آیت‌الله خمینی بودند که زیر نظر مرحوم آقاسیدمصطفی خمینی فعالیت می‌کردند و تمام فعالیت‌هایشان را با ایشان هماهنگ می‌کردند. هستۀ مرکزی آن آقایان فردوسی‌پور، محتشمی‌پور و ناصری تشکیل می‌دادند و آقای روحانی زیارتی از اعضای فعال آن بوده است.

۱۵. سیدحمید روحانی زیارتی ۲۲ سال بعد یعنی در سال ۱۳۷۲ در دفتر سوم نهضت امام خمینی اقرار کرد «دربارۀ شایعۀ ترور امام و آنچه پیرامون آن گفته و نوشته‌اند، نخست باید دانست که نوشتۀ ماهنامۀ ۱۶ آذر و ایران آزاد دربارۀ دست‌داشتن [آیت‌الله] سیدمحمد روحانی در این توطئه از پایه دروغ و دور از واقعیت است. نامبرده نه‌تنها در این توطئه کوچکترین نقشی نداشته بلکه طبق اسنادی که در دست است از هرگونه وابستگی به ساواک و مقامات ایران بری بود، لکن بی‌حرمتی‌ها و ناسزاگویی‌های او به امام این اندیشه را در درون بسیاری از روحانیون نجف رشد داد که شاید با مقامات ایران سر و سرّی دارد، هرچند دست‌های مرموز و پشت‌پرده را در انگیختن غیرمستقیم این‌گونه افراد به رویاروئی با امام و تلاش در راه بدنامی او در عراق و حوزۀ نجف نتوان انکار کرد.»

۱۶. به گزارش آقای زیارتی روحانی «امام خمینی از مطالب بی‌پایۀ نشریات ۱۶ آذر و ایران آزاد سخت خشمگین و ناراحت شد و با کمک فرزندش شهید سیدمصطفی خمینی کوشید که نویسنده یا نویسندگان گزارش یاد شده برای نشریات پارسی‌زبان برون‌مرزی را شناسائی کند و آنان را به سبب این‌گونه پیرایه‌ها و نسبت‌های ناروا به نامبرده مورد نکوهش و بازخواست قرار دهد، لیکن هیچ‌یک از روحانیان مبارز نجف اشرف به نگارش این گزارش اعتراف نکردند و کوشیدند این اندیشه را در امام زنده کنند که شاید گزارش از ایران رفته باشد.» جالب اینجاست که براساس این گزارش آن مرحوم و فرزندش هم ناباورانه نتوانستند سازندگان این افتراهای نامشروع و غیراخلاقی را شناسایی کنند! اینکه مرحوم آیت‌الله خمینی و فرزندش نتوانسته باشند منبع این افتراها را علیه سیدمحمد روحانی شناسایی کنند با توجه به مجموعۀ قرائن تحقیق و هوش و زکاوت ایشان جداً مستبعد است. حجت‌الاسلام سیدحمید زیارتی روحانی تنها به یک نکته اشاره نکرده است و آن اینکه آیا خود وی نام و مشخصات شایعه‌پراکنان و فرستندگان خبر جعلی علیه آیت‌الله روحانی به نشریات انقلابی اروپا و آمریکا را شناسائی نکرده بوده است!؟ آیا ایشان «روحانیون مبارز نجف» را نمی‌شناخته است!؟ آیا واقعاً حجت‌الاسلام سیدحمید روحانی زیارتی نام مفتریان و تولیدکنندگان شایعه‌های دروغ را نمی‌دانسته است!؟

۱۷. آنچه از دو نامۀ سال‌های ۱۳۴۹ و ۱۳۵۲ آیت‌الله خمینی به آیت‌الله سیدصادق روحانی دربارۀ بهتان به آیت‌الله سیدمحمد روحانی به‌دست می‌آید سه نکته است: اولاً آیت‌الله خمینی شخصاً نه علیه سید‌محمد روحانی چیزی گفته نه اقدامات تخریبی علیه وی را هدایت کرده است. ثانیاً ایشان از این اقدامات تخریبی اطلاع قبلی هم نداشته است. ثالثاً ایشان هیچ فعالیتی برای شناسائی کسانی که این اقدامات تخریبی را انجام داده بودند لازم ندانسته است. اطرافیان خود را از صلحا دانسته که مرتکب امور کثیفه نمی‌شوند. برخی از همین صلحا با اغماض عملی ایشان تخریب رقیب درحدِ مباهته و افترا را مجاز دانسته بودند. با توجه به هوش سیاسی و زکاوت ایشان اگر اندکی تفحص می‌کرد مطمئناً جاعلین را شناسائی می‌نمود. رسوا کردن و بردن آبروی رقیب ضد انقلابی ولو از طریق مباهته و افترا برای ایشان چندان اهمیتی نداشته که نسبت به آن حساسیتی از خود نشان نداده است. و نکتۀ اصلی همین‌جاست.

۱۸. آیت‌الله خمینی در اسفند ۱۳۴۹ به طلابی که به بهانۀ تکلیف شرعی به اهانت و تکفیر علما (سیدمحمدباقر و سیدموسی صدر) پرداخته‌اند به‌شدت هشدار می‌دهد. او ساقط کردن امیدهای آیندۀ اسلام را به بهانۀ تکلیف شرعی فسق و فساد اعلام می‌کند. اگر منطق به کار رفته در این سخنرانی هشداردهنده را از دو صدر منتزع کنیم و آن‌را به سیدمحمد روحانی هم تعمیم دهیم، دراین‌صورت باید حداقل اهانت به وی (چه برسد به افترا و مباهته) با همین منطق برحذر داشته شود. یعنی به بهانۀ تکلیف شرعی کسی به وی هم بهتان نزند و اهانت نکند. اما چنین تعمیمی از جانب آن طلاب انقلابی درک نشد، ظاهراً این تعمیم به گوینده هم چندان قابل انتساب نیست، چرا که بین دو صدر و سیدمحمد تفاوتی است که به نظر می‌رسد در مدرسۀ آیت‌الله خمینی در موضوع دخیل باشد. دو صدر بر علیه نهضت قدمی برنداشته بودند، حال آنکه سیدمحمد متهم بود که شاخص‌ترین ضد انقلابی نجف است. آیا عِرض و آبروی چنین فردی احترام دارد؟ دقیقاً نکته در همین‌جاست. به‌هرحال نسبت به بهتان و افترایی که برخی روحانیون انقلابی نجف در سال ۱۳۴۹ به آقاسیدمحمد روحانی زدند هیچ نهی و تحذیری از جانب آیت‌الله خمینی در دست نیست، و اعتراض آقاسیدصادق روحانی هم به همین بوده است.

۱۹. بعد از افترای سه‌گانۀ اطرافیان آیت‌الله خمینی به آیت‌الله سیدمحمد روحانی اطرافیان ایشان هم شروع به مقابله‌به‌مثل کردند و اطرافیان آیت‌الله خمینی را کمونیست و توده‌ای و لیبرال و مصدقی خواندند. حال اینکه چطور می‌شود همزمان مصدقی‌هایِ لبیرالِ ضدکمونیست، کمونیست و توده‌ای باشند معلوم نیست! اگر حمل بر صحّت کنیم باید گفت آیت‌الله روحانی یا اطرافیان ایشان نمی‌توانستند تصور کنند که مسلمانی دین و سیاست را جدا نکند، لامحاله کسی که مبارزۀ سیاسی می‌کند محال است مسلمان باشد! مبارز سیاسی یا کمونیستِ توده است یا لیبرالِ مصدقی. شقّ سومی هم ندارد. اگر فرض کنیم که شایعه‌پراکنان واقعاً می‌دانستند که اطرافیان آیت‌الله خمینی نه کمونیست و توده‌ای هستند نه لیبرال مصدقی، آنان هم همانند اطرافیان مفتری آیت‌الله خمینی مقابله‌به‌مثل می‌کردند و به اطرافیان رقیب بهتان می‌زدند. تحلیل شیخ‌الشریعة با احتمال نخست و تحلیل خاتم یزدی با احتمال دوم سازگار است. اگر اتهامات فوق‌الذکر تنها بعد از سال ۴۹ از اطرافیان آیت‌الله روحانی شنیده شده باشد به احتمال مقابله‌به‌مثل و مباهته نزدیکتر است، و اگر این اتهامات از آغاز نثار مبارزان می‌شده احتمال نخست تقویت می‌شود.

۲۰. آیت‌الله روحانی و آیت‌الله خمینی دو بار همدیگر را ملاقات کردند. بار اول آقاسیدمحمد در صحن حرم علی(ع) بر سر راه آقاسیدروح‌الله می‌ایستند و پس از سلام و احوالپرسی در مورد برخوردهایی که با او و بیتش می‌شود، گله می‌کند. اما آقای خمینی در جواب آقای روحانی مطلقاً صحبتی نمی‌کند. تاریخ این ملاقات سرپائی که راوی آن سیدِ روحانی است مشخص نیست. اما حداقل می‌توان مطمئن بود که دو سید بی‌واسطه با هم سخن گفته‌اند و سیدِ خمینی گلایه‌های سیدِ روحانی را شنیده است. سیدمحمد در طول ۱۴ سال تبعید آیت‌الله خمینی در نجف تنها یک‌بار برای ملاقات با وی به منزلش رفت و آن در نخستین دقایق با خبر شدن وی از مرگ غیرمنتظرۀ فرزندش آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در ۱ آبان ۱۳۵۶. سیدِ روحانی زمان مناسبی را برای این دیدار انتخاب نکرده بود. اگر واقعاً قصد تسلیت داشت می‌توانست در مجلس ترحیم وی شرکت کند. سوابق عداوت عمیق وی با مرحوم آقاسیدمصطفی و مشکلاتی که وی برای آیت‌الله خمینی، فرزندش آقاسیدمصطفی و طلاب مبارز ایجاد کرده بود این احتمال را تقویت می‌کند که وی رفته بود تا فرسایش پدرِ عزیز از دست داده را از نزدیک مشاهده کند، آنچنان‌که یاران انقلابی آیت‌الله خمینی تفسیر کرده‌اند.

۲۱. در زمستان ۱۳۵۶ حزب بعث عراق جمعی از روحانیون ایرانی حوزۀ نجف را اخراج می‌کند. آیت‌الله روحانی در میان اخراج‌شدگان است. وی زمانی از نجف به اجبار حکومت عراق روانۀ شهر آباء و اجدادی خود قم می‌شود که جرقه‌های انقلاب در قم و تبریز در زنجیرۀ چهلم‌ها روشن شده و تلاش آیت‌الله خمینی و یارانش به بار نشسته است. او تا در نجف بود فضائی ایجاد کرد که آیت‌الله خمینی و یاران مبارزاش نتوانستند جرعه‌ای آب به راحتی بنوشند. البته چند ماه بعد دولت عراق برای اقامت آیت‌الله خمینی هم مزاحمت‌هایی ایجاد کرد و ایشان هم روانۀ پاریس شدند.

۲۲. بعد از پیروزی انقلاب روحانیون مبارز نجف از اعضای متنفّذ بیت رهبر انقلاب بودند. سیدمنیرالدین حسینی شیرازی با تأیید صلاحیت ازسوی آیت‌الله خمینی به‌عنوان نمایندۀ مردم فارس عضو مجلس خبرگان قانون اساسی شد. سیدحمید روحانی زیارتی هم با چنان سوابق علمی و اخلاقی با حکم رسمی آیت‌الله خمینی مسئول نوشتن و تدوین تاریخ انقلاب اسلامی گشت.

۲۳. خوشبختانه برخی از شایعه‌سازان علیه آیت‌الله روحانی از اطرافیان آیت‌الله خمینی در همان سال‌های نجف از کردۀ خود پشیمان شدند و برای حلال بودی از طریق طاهری کنی و اشعری نزد آیت‌الله روحانی رفتند. وی گریست و گفت جز در محكمۀ عدل الهي اين مسأله قابل رسيدگي نيست. متأسفانه هیچ‌یک از شایعه‌سازان اصلی در میان تائبین نبوده‌اند. این اقدام خداپسندانۀ تائبین قابل تقدیر است. ای کاش شاهد چنین رویکردی در میان اتهام‌زنندگان به طرف مقابل در اصحاب آیت‌الله روحانی هم بودیم.

۲۴. دورۀ دوم نجف ۵۶-۱۳۴۹ اگرچه آیت‌الله روحانی و اطرافیانش به اقدامات ایذائی خود علیه آیت‌الله خمینی، فرزندش و طلاب مبارز ادامه دادند، اما متأسفانه برخی اطرافیان آیت‌الله خمینی هم سه بهتان و افترا به شخص آیت‌الله روحانی به شکل وسیعی منتشر کردند. تا پیروزی انقلاب هیچ تکذیبیه‌ای ازسوی مفتریان منتشر نشد و هیچ نشانی‌ای از نهی مفتریان ازسوی آیت‌الله خمینی علیرغم اطلاع ایشان در دست نیست. اگرچه زیارتی ناخشنودی آیت‌الله خمینی را از دو اتهام مزدوری ساواک و شرکت در توطئۀ ترور منتشره در دو نشریۀ بهار۱۳۵۰ را نقل کرده، اما دربارۀ جعل چک حتی همین اظهار ناخشنودی را نیز نقل نکرده است.

۲۵. حوزه نجف در سطح مرجعیت در درس اخلاق عملی در سال‌های ۴۴ تا ۵۶ نمرۀ قبولی نگرفت. آیت‌الله روحانی و اطرافیانش نسبت به فقیه تبعیدیِ قم نه تنها حق مهمان‌نوازی را به‌جا نیاوردند بلکه با ترک فریضۀ امر به معروف و نهی از منکر نسبت به رژیم جائر پهلوی نسبت به مبارزین و مجاهدین و در رأسشان آیت‌الله خمینی ظلم کردند. ازآن‌سو برخی اطرافیان آیت‌الله خمینی با افترا و بهتان کوشیدند رقیب ضد انقلابیِ آیت‌الله خمینی را از میدان به در کنند. متأسفانه ازسوی آیت‌الله خمینی نه تنها برخورد تنبیهی مناسبی با مفتریان و جاعلان و بهتان‌زنندگان صورت نگرفت بلکه برخی از آن‌ها مسئول تدوین تاریخ انقلاب شدند. انقلاب از بوتۀ آزمون اخلاقی سربلند بیرون نیامد.