بخش دوم: اخلاق و سیاست در دوران استقرار نظام

در این فصل قضیۀ مرجعیت شیعه بین سال‌های ۱۳۷۱ تا ۱۳۷۶ در ضمن سه فصل در حد منابع موجود بررسی شده است:
الف. مرجعیت شیعه پس از وفات آیت‌الله خویی؛ ب. تضییقات مراجع ناراضی پس از اعلام مرجعیت رهبری؛ ج. تضییقات خاص مرجعیت آیت‌الله روحانی

نخستین چیزی که در مطبوعات ایران دربارۀ آیت‌الله روحانی اجازۀ نشر یافت خبر مرگ وی بود. جمهوری اسلامی مانع از انتشار خبر درگذشت، مجالس ترحیم و چهلم وی نشد. هرچند اینکه اجازۀ عمل به وصیت وی در دفن کنار مدفن پدرش در مسجد بالاسر حضرت معصومه داده نشد، و جنازۀ وی به اعتراض در منزل مسکونی‌اش دفن شد، اجازۀ انتشار نیافت.

این فصل شامل سه قسمت است: نقد اخلاقی آیت‌الله روحانی در نجف؛ نقد اخلاقی آیت‌الله خمینی در نجف و تهران؛ و نقد اخلاقی دخالت جمهوری اسلامی در مرجعیت شیعه. انقلاب اسلامی در نجف و جمهوری اسلامی در ایران با تقدم سیاست و انقلاب بر اخلاق و دیانت پیروز شد و تداوم یافت. قاعده این بوده است: تداوم انقلاب و حفظ نظام اوجب واجبات است و عنداللزوم بر کلیۀ احکام شرعی و موازین اخلاقی مقدم است.