آیت الله سید محمد روحانی شاخص ترین مخالف آیت الله خمینی و نهضت اسلامی در بین سالهای ۱۳۴۴ تا ۱۳۵۶ در حوزه‌ی علمیه‌ی نجف بوده است. وی در نجف در مخالفت، تضعیف و ایذاء سید روح الله موسوی خمینی به دلیل سیاسی و انقلابی بودنش چیزی فروگذار نکرد. برخی اطرافیان آیت الله خمینی هم در مرداد ۱۳۴۹ و خرداد ۱۳۵۰ سه بهتان و افترای زشت به شخص آیت الله روحانی به شکل وسیعی منتشر کردند، که باعث شد سید روحانی از حیّز انتفاع ساقط شود. متاسفانه از سوی آیت الله خمینی نه تنها برخورد تنبیهی مناسبی با مفتریان و جاعلان و بهتان زنندگان صورت نگرفت بلکه برخی از آنها مسئول تدوین تاریخ انقلاب شدند.
یکی از اوراق سیاه پرونده‌ی جمهوری اسلامی در حوزه‌ی مرجعیت اعمال فشار و ممانعت از مرجعیت مرحوم آیت الله سید محمد روحانی است. مطابق ضوابط سنتی حوزه های شیعی آن مرحوم در دهه‌ی هفتاد شمسی در مظان اعلمیت بوده است. اینکه یک مجتهد نهایتا متجزی (به قول مرحوم آیت الله آذری قمی) به زور قدرت سیاسی اعلام مرجعیت کند و مانع از مرجعیت رسمی مجتهد مطلقی که در مظان اعلمیت است بشود جدّاْ نوبر است.
