حداقل دوازده کتاب و سه ویژه‌نامه مستقل در نقد آراء محسن کدیور منتشر شده اند. این پانزده اثر حول هفت موضوع به شرح زیر قابل دسته بندی هستند:
اول. نقد آرائی که به زندانی شدن کدیور در سالهای ۷۹-۱۳۷۷ انجامید:
۱
نقد یک رویداد: نظرات موافق و مخالف بازداشت و محاکمه محسن کدیور در مطبوعات از ۹ اسفند ۷۷ تا ۲۹ فروردین ۷۸، به‌کوشش زهرا رودی (کدیور)، نشر نی، تهران، ۱۳۷۸، ۴۸۰ صفحه.
*****
دوم. نقد کتاب حکومت ولائی (۱۳۷۷): سه کتاب مستقل به ترتیب تاریخ انتشار
۲
– سیدمحسن صالح (۱۳۵۳)، بازشناسی حکومت ولایی: نقدی بر کتاب حکومت ولایی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، تهران ۱۳۸۲، ۲۶۰ صفحه.
***
۳
– سیدمحمدمسعود معصومی‌لاری (۱۳۳۹)، جستاری در حکومت ولایی: نقدی بر کتاب حکومت ولایی، نشر و پژوهش معناگرا، تهران، ۱۳۸۵، ۱۷۰ صفحه.
***
۴
– دکتر مهرداد ویس‌کرمی (۱۳۵۰)، احیای حکومت ولایی: نقد کتاب حکومت ولایی دکتر کدیور، خرم آباد: دانشگاه علوم پزشکی لرستان، ستارگان آسمان، ۱۳۹۶، ۱۷۶ صفحه.
*****
سوم. نقد کتاب استیضاح رهبری (۱۳۸۹)
۵
– علی ذوعلم (۱۳۳۴)، نقد قال: تأمّلی انتقادی بر یک نامه [استیضاح رهبری]، تهران، کانون اندیشهٔ جوان، زمستان ۱۳۸۹، ۴۰۰ صفحه.
*****
چهارم. جنبش سبز در سالهای ۹۱-۱۳۸۸
۶
– مسعود محمدی (۱۳۴۴)، مرور آرا و مواضع محسن کدیور، مرور آرا و مواضع اصحاب فتنه گزارش ریشه‌ها و روند انحراف و خیانت فتنه‌گران، (اصحاب فتنه ۲)، گردآوری و تنظیم گروه مؤلفین، شناسه، تهران، ۱۳۹۱، ۹۳ صفحه.
بررسی آراء و مواضع «محسن کدیور»: وی دست کم از دو نظر نسبت به اغلب فتنه‌گران متمایز است؛ یکی اینکه در کسوت روحانیت خود را مجاز به ورود عرصه‌های تخصصی اسلام می‌داند و در همین راستا به تحلیل و اظهار آراء خاص و انحرافی در مسائل و موضوعات می‌پردازد؛ و دوم اینکه سیر تفکر و موضع گیری از دست کم اوایل ده هشتاد در تضاد با ولایت فقیه و نظام جمهوری اسلامی قرار گرفته است.
*****
پنجم. نقد کتاب منتشرنشده! علمای ابرار: سه کتاب مستقل و سه ویژه‌نامه به ترتیب تاریخ انتشار
۷
– گاهنامه آئینه نقد، شماره ۵: بازخوانی مفهوم امامت و تشیع، نقدها و واکنش‌ها، شهریور ۱۳۸۵، ۲۳۵ صفحه، [متن ۷ سخنرانی کدیور ، ۱۰ نقد آن و مطالب مرتبط]، معاونت پژوهشی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، ستاد پاسخگویی به مسائل مستحدثه دینی، تهیه و تنظیم رمضان‌علی شوپایی جویباری (رئیس هیات امنا دفتر تبلیغات: محمد جعفری گیلانی، رئیس دفتر تبلیغات: سید حسن ربانی)
***
۸-۱
– نصوص معاصرة: فصلية تعنى بالفكر الديني المعاصر، تصدر عن مركز البحوث المعاصرة في بيروت، العـدد التاسع عشر، السـنة الخامسة، صيف ۲۰۱۰م، ۱۴۳۱هـ، ملف العدد: الإمامة، قراءات جديدة ومنافحات عتيدة، ص۱۲۳-۱۱.
***
۸-۲
– نصوص معاصرة: فصلية تعنى بالفكر الديني المعاصر، تصدر عن مركز البحوث المعاصرة في بيروت، العـدد العشرون، السـنة الخامسة، خريف ۲۰۱۰م، ۱۴۳۱هـ. ملف العدد: الإمامة، قراءات جديدة ومنافحات عتيدة، ص۱۱۹-۱۱؛ رئیس التحریر: حیدر حب الله، مدیر التحریر: محمد عباس دهینی، المدیر العام: علی باقر الموسی.
***
۹
– حسن علی‌پور وحید (۱۳۵۰)، مکتب در فرآیند نواندیشی: بازخوانی انتقادی نواندیشی محسن کدیور در حوزه شیعه‌شناسی، نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها، دفتر نشر معارف، قم، بهمن ۱۳۹۴، ۲۹۶ صفحه.
***
۱۰
– احمد سلمان، وهم القرائة المنسیة: محاکمة علمیة لنظریة «علماء ابرار»، بیروت، دارالولاء، ۲۰۱۸ م [۱۳۹۷]، ۲۲۹صفحه. (ترجمه عنوان کتاب: توهم قرائت فراموش شده: محاکمه علمی نظریه «علمای ابرار»؛ نقد کتاب القراءة المنسیة إعادة قراءة نظریة: الأئمة الاثنا عشر علماء أبرار وأربع مقالات أخری، تعریب وتقدیم وحواشی: د. سعد رستم، مؤسسة الانتشار العربی، بیروت، ۲۰۱۱، ۲۱۵ صفحه)
***
۱۱
– الإمامة، قراءات جديدة ومنافحات عتيدة، إعداد وتقديم: حيدر حب الله، الطبعة الاولی، مؤسسة الانتشار العربي، بيروت، لبنان؛ ۲۰۱۱م [۱۳۹۰]، عدد الصفحات: ۴۵۴. علیرغم اعلان مؤلف و ناشر، این چاپ منتشر نشده است!
– الإمامة، قراءات جديدة ومنافحات عتيدة، سلسلة کتاب نصوص معاصرة، تألیف مجموعة من الباحثین، إعداد وتقديم: حيدر حب الله (۱۳۵۱)، الطبعة الاولی، دار روافد للطباعة والنشر والتوزیع،بيروت، لبنان؛ ۲۰۱۹م [۱۳۹۸]، عدد الصفحات: ۴۵۴. [ترجمه عنوان: امامت، قرائت‌های جدید و دفاعیات سرسخت]
*****
ششم. نقد کتاب ابتذال مرجعیت شیعه (۱۳۹۴): دو کتاب به ترتیب تاریخ انتشار
۱۲
– حسن علی‌پور وحید (۱۳۵۰)، ارتقای مرجعیت شیعه: بررسی انتقادی “ابتذال مرجعیت شیعه” اثر دکتر محسن کدیور، نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها، دفتر نشر معارف، قم، بهمن ۱۳۹۴، ۲۰۸صفحه.
***
۱۳
– جمعی از نویسندگان، ابتذال شبهه افکنی: پاسخی به کتاب «ابتذال مرجعیت شیعه» محسن کدیور، اندیشکده برهان، تهران: انتشارات دیدمان، ۱۳۹۷، ۷۱ صفحه.
*****
۱۴
هفتم. نقد مقاله اسلام رحمانی (۱۳۸۹)
– حسن علی پور وحید (۱۳۵۰)، قرائت رحمانی: اسلام رحمانی از نگاه دکتر محسن کدیور، قم، نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها، نشر معارف، ۱۳۹۶، ۳۶۸ صفحه.
***
کتاب منتشرنشده! علمای ابرار با سه کتب نقد و سه ویژه نامه نقد، کتاب حکومت ولایی (۱۳۷۷) با سه کتاب نقد، و کتاب ابتذال مرجعیت شیعه (۱۳۹۴) با دو کتاب نقد به ترتیب در صدر اقبال منتقدان قرار داشته اند. حسن علی‌پور وحید (۱۳۵۰) با انتشار سه نقد و حیدر حب الله با یک کتاب نقد و دو ویژه نامه نقد پرکارترین منتقدان آراء کدیور و نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها، نشر معارف، قم با انتشار سه کتاب نقد و نصوص معاصرة (مركز البحوث المعاصرة في بيروت) با انتشار دو ویژه‌نامه نقد پرکارترین ناشران در این حوزه بوده اند؛ اگرچه ناشران دیگر کتب نقد (به استثنای کتاب نخست) و ویژه نامه های نقد همگی از ناشران حکومتی (شعب فرهنگی دفتر رهبری) هستند. دو کتاب نقد و دو ویژه نامه به عربی و ده کتاب و یک ویژه نامه به فارسی منتشر شده اند. کتب و ویژه نامه های نقد بین سالهای ۱۳۷۸ تا ۱۳۹۸ منتشر شد اند، یعنی هر شانزده ماه یک کتاب یا ویژه نامه نقد.
کتاب‌هایی که فصلی از آنها به نقد آراء کدیور پرداخته شده در فهرست فوق درج نشده است.
این فهرست به‌تدریج تکمیل خواهد شد.