نظریه آقای زنجانی نظریه بدیل انقلاب به روایت آقای خمینی و جمهوری اسلامی دست‌پخت وی است. این رساله تحلیلی‌ترین، مستندترین و مستدل‌ترین متنی است که از منظر دینی در نقد جمهوری اسلامی و سیاست‌های کلان آقای خمینی منتشر شده است. رساله زنجانی نقد مشروعیت جمهوری اسلامی از منظر شرعی و استیضاح بنیان‌گذار آن است. به نظر وی اسلام شیعی نه‌ تنها این روش زمامداری و کشورداری را بر نمی‌تابد، بلکه جمهوری اسلامی در تقابل و تعارض با محکمات قرآن، سنت رسول‌الله، سیره امیرالمؤمنین، و موازین فقهی و مبانی شرعی است.

هدف اساسی انقلاب آن بوده که حکومت ملّی جایگزین حکومت فردی گردد، و با اجرای آیین عدالت گستر اسلام که جز شکلی بی‌محتوا از آن به جا نمانده بود، حقوق از دست رفته باز پس گرفته شود. پیش از انقلاب، و هم پس از سقوط رژیم گذشته، با تأکید و تکرار، به مردم نوید داده می شد که در تعیین سرنوشت خودشان شرکت خواهند داشت، و با پیاده کردن اسلامِ صدر اوّل و به کار بستن عدلِ علوی مدینۀ فاضله تحقّق یافته، و همۀ آمال ملّی جامۀ عمل خواهد پوشید.

اما راجع به قانون اساسی مخصوصاً شاه‌بیت آن یعنی اصل مبنی بر اختیارات بلاشرط که برای مقام رهبری تثبیت شده است، مایه تأسف و حیرت است؛ چه این همه اختیارات نامحدود بسی بیشتر از اختیاراتی است که در قانون اساسی سابق برای مقام سلطنت منظور شده بود، درصورتی‌که یکی از هدف‌های انقلاب آن بود که حاکمیت فرد از میان برود و حکومت ملی جایگزین آن گردد. بازده مجلس خبرگان، جز تثبیت حکومت استبداد فردی و یا چند نفری، و احیاناً ارتجاعی، چیز دیگری نخواهد بود.