قرآن کتاب علمی و تاریخی نیست، اشاره‌ی آن به امور علمی یا تاریخی در حد ارتباط با هدایت بشری است. ببان قرآن در این موارد متناسب با فرهنگ، سرزمین و زمانه‌ی مخاطبان نخستین است. زبان قرآن در امور مرتبط با مسائل علمی خالی از کنایه و مجاز نیست و لزوما بیان واقع نمای خارجی نیست. بیانات قرآن در این زمینه ها ظهور ظنی است. داده های علمی یا تاریخی نیز تجارب ظنی دیگری است. در تعارض این ظنون ظن اقوی اخذ می شود.

قضاوت و حکومت تلازمی با نبوت ندارند. از امارت پیامبر در مدینه دو تفسیر در دست است. اول تفسیر سنتی به این عنوان که امارت پیامبر هم به نصب الهی و جزئی از رسالت وی بوده است. تفسیر دوم این امارت به انتخاب مردم بوده و امری مستقل از نبوت ایشان بوده است. در اینکه پیامبر معرفت دینی و امر سیاسی برای پس از خود را عجین یا تفکیک کرد، باز تفاسیر مختلف است. اکثریت مسلمین بر این باوردند که این دو امر تفکیک نشد. آنگاه اختلاف کرده اند که آیا به اجماع مسلمین نهاده شد یا ابن عمّ پیامبر به هر دو سمت منصوب شد. تفسیر دیگر معرفی علی به عنوان منبع دینی و وانهادن امر سیاست به خود امت است. سیاست و اصلاح امور دنیا نیازی به زمامداری قدیس و اولیاء الله و پیامبر و امام و حکیم و فقیه ندارد. منتخبان مردم می توانند تحت نظارت عمومی و با رعایت موازین حقوقی و اخلاقی سیاست را تدبیر کنند و آزادی دین ورزی مومنانه را نیز تامین کنند.