آذری قمی در نامۀ تاریخی آبان ۱۳۷۶ به خاتمی رئیس جمهور فجایعی که وزارت اطلاعات دوران فلاحیان نسبت به مراجع مستقل مرتکب شده را فهرست‌وار برمیشمارد: هجوم و غارت و تخریب بیت و مدرس آیتالله منتظری، جلوگیری از انتشار رسالههای آیات منتظری، روحانی، و شیرازی، شکنجه فرزندان آیتالله سیدمحمد شیرازی، اهانت به جنازه آیتالله سیدمحمد روحانی و فشار بر ائمۀ جمعه مستقلی مثل آیتالله طاهری اصفهانی. آذری برای نخستین بار فاش میکند که قبل از وی آیتالله منتظری در ۱۲ آبان ۱۳۷۳ آقای خامنهای را از پاسخ دادن به مسائل شرعی و به عهده گرفتن شئون مرجعیت به دلیل عدم صلاحیت نهی کرده است. وی نیز همین را به وی تذکر داده اما مورد بی‌مهری رهبری قرار گرفته است.
آذری از فتوای سابق خود که وجوهات شرعیه باید به مقام رهبری داده شود نه مراجع استغفار میکند و آنرا فتوای بی‌موقعی که باید محو شود معرفی میکند. آذری از آقای خامنهای انتقاد میکند که در دوران رهبری وی ملاک عزت و کرامت اعتقاد به ولایت و مرجعیت ناحق وی بوده است. او در ریزترین امور مملکت حتی نصب وزیر اطلاعات بلکه معاونت آن هم دخالت میکند. خبرگان رهبری تبدیل به وعاظالسلاطین شدهاند و وظیفۀ نظارتی خود عمل نمی‌کنند. قوۀ قضائیه آئین‌دادرسی را رعایت نمی‌کند.
آذری قمی در نامه به خاتمی صریحاً اعلام میکند که عمدۀ جنایاتی که توسط وزارت اطلاعات صورت گرفته به امر یا اجازۀ آقای خامنهای بوده است و ایشان قانوناً مسئول این جنایات است. هرچند رئیس‌جمهور نیز به دلیل عدم نظارت به وزارتخانه قابل بازخواست است.
