فضائل منسوب به مسجد جمکران و بناهای مرتبط با آن از جمله چاه آن فاقد هرگونه مستند معتبر است و از جمله خرافات دینی محسوب می شود.
درباره‌ی علم ائمه حداقل دو نظریه است: اول. نظریه‌ی ائمه‌ی معصومین که معتقد است ائمه علم لدنی به گذشته و حال و آینده دارند، علمشان بیکرانه بوده به همه امور عالَم عالِم بوده اند. دوم. نظریه‌ی علمای ابرار بر این باور است که ائمه علم اکتسابی داشته اند و اطلاعشان از امور دینی از طریق پیامبر بوده، این علم محدود به امور دینی بوده، وسخنان ایشان برخی متناسب با فرهنگ زمانه‌ی خود بوده از قبیل روایات طبی و برخی در تبیین ارزشهای فرازمانی بوده است. ضمنا در امور اعتقادی خبر واحد حجت نیست و خبر نص متواتر لازم است.
اگر کسی از ائمه مستند آرائشان را می پرسید ایشان به نقل از آباء خود تا پیامبر نقل می کردند. روایات معتبری در کافی حکایت از آن دارد که پاسخهای پیامبر (ص) به امام علی (ع) نسلا بعد نسل در دست ائمه بوده و منبع اصلی آراء ایشان محسوب می شده است. شارع دانستن ائمه (یعنی هم عرض پیامبر صلاحیت وضع احکام را داشتن) قول غلات است که فعلا به نظر رایج شیعه تبدیل شده است. تا قرن پنجم بخشی از شیعیان آراء ائمه را فتاوای ایشان می دانسته اند. ابن جنید اسکافی از جمله شعیان متقدم قائل به این قول بوده است. آثار وی بالکل محو شده و جز منقولاتی از وی در کتب برخی فقهای بعدی باقی نمانده است. به هر حال این صحیح نیست که تمام منقولات ائمه را استنباطات و فتاوای ایشان بدانیم. یقینا بخشی از این منقولات را عینا از پیامبر شنیده و سینه به سینه نقل کرده اند. نظریه‌ی استنباط ائمه یکی از فروع شارع نبودن ایشان است، که به صورت موجبه‌ی جزئیه قابل قبول است نه موجبه‌ی کلیه، یعنی اثبات اینکه همه‌ی منقولات ایشان استنباط آنهاست کاری ساده نیست، اما اینکه برخی از آنها چنین است ممکن است و قابل پذیرش.
قضاوتی که نیازمند اجتهاد و استنباط از ادله‌ی تفصیله است(به عبارت دیگر شبهات حکمیه) شأن فقیه و مجتهد جامع الشرائط است. این قضاوتی است که در روایات از آن یاد شده است. در نظامهای حقوقی معاصر این وظیفه را بالاترین مرجع قضائی از قبیل دیوان عالی کشور یا دادگاه قانون اساسی و مانند آن ایفا می کند نه قاضی ساده. دوم. قضاوت بر اساس قوانین مدون یا رویه‌ی قضائی با مراجعه با متن قانون و انشاء حکم قضائی. این نحوه قضاوت که شکل رایج قضاوت در زمان ماست (به عبارت دیگر شبهات موضوعیه) تجربه و تبحر حقوقی می طلبد و لزوما متوقف بر اجتهاد نیست. یک کارشناس حقوق آشنا به موازین آئین دادرسی یقینا از فقیه ناآشنا به علم حقوق قضائی قضاوت بهتری خواهد داشت.
ختنه‌ی دختران از رسوم جاهلی برخی قبایل افریقایی است که متاسفانه هنوز هم در برخی جوامع با ادیان و مذاهب مختلف ادامه دارد. ختنه‌ی دختران فاقد مستند معتبر دینی است. اولا هیچ مستند قرآنی ندارد، ثانیا در روایات اهل بیت تصریح شده است که ختنه‌ی دختران واجب نیست، بلکه در برخی روایات حتی از سنت یا مستحبات هم محسوب نشده است. ثالثا در میان اکثر مسلملنان فاقد هرگونه سابقه ای است. با توجه به مضرات حتمی پزشکی و بهداشتی عمل موسوم به ختنه‌ی دختران و فقدان مستند معتبر دینی، این عمل شرعا حرام است. مرتکبان و مشارکان این رسم جاهلی در قبالی جنایتی که انجام می دهند ضامن و قابل مجازات هستند.
نمازگزار ولو کسی او را نبیند باید بدن خود را بپوشاند، مرد نمازگزار در حد شرمگاه و اولی پوشاندن از ناف تا زانو است، و زن نمازگزار پوشاندن تمام بدن به استثنای صورت، کفین (دست تا مچ) و قدمین (پا تا مچ). تزیین به طلا در زمان نماز بر مرد مجاز نیست، و در غیر نماز حرام نیست، اما اولی اجتناب از آن است. تراشیدن ریش حرام نیست، اما احتیاط در نتراشیدن موی صورت از ته است.
محسن کدیور نیز به پیروی از محمد طه و عبداللهی النعیم نوشته است که در قرآن و سنت معتبر دو گونه اندیشه سازگار و ناسازگار با حقوق بشر وجود دارد.