نسخه‌ی اردیبهشت ۱۳۹۳ حکومت انتصابی نسخه‌ای بی غلط است. لطفا از این نسخه استفاده کنید. نسخه‌ی اچ‌تی‌ام‌ال (HTML) هفت کتاب زیر به‌روز نیست و ویرایش قبلی است نه ویرایش اخیر. جایگزینی نسخه جدید به جای نسخه‌های قبلی زمان می گیرد. لطفا حتی‌الامکان از نسخه‌ی متاخر یعنی نسخه‌ی پی‌دی‌اف (PDF) این کتابها استفاده کنید: در محضر فقیه آزاده، سوگنامه فقیه پاکباز، اسنادی از شکسته شدن ناموس انقلاب، فراز و فرود آذری قمی، ابتذال مرجعیت شیعه، انقلاب و نظام در بوته‌ی نقد اخلاقی، و حکومت انتصابی.
آیت الله سید محمد روحانی (۱۳۷۶-۱۲۹۹) شاخص ترین مخالف آیت الله خمینی و نهضت اسلامی در بین سالهای ۱۳۴۴ تا ۱۳۵۶ در حوزه‌ی علمیه‌ی نجف بوده است. روحانیون مبارز نجف معتقدند وی در مخالفت، تضعیف و ایذاء سید روح الله موسوی خمینی به دلیل سیاسی و انقلابی بودنش چیزی فروگذار نکرد. برخی اطرافیان آیت الله خمینی هم در مرداد ۱۳۴۹ و خرداد ۱۳۵۰ سه بهتان و افترای زشت به شخص آیت الله روحانی به شکل وسیعی منتشر کردند، که باعث شد سید روحانی از حیّز انتفاع ساقط شود. متاسفانه از سوی آیت الله خمینی نه تنها برخورد تنبیهی مناسبی با مفتریان و جاعلان و بهتان زنندگان صورت نگرفت بلکه برخی از آنها مسئول تدوین تاریخ انقلاب شدند. یکی از اوراق سیاه پرونده‌ی جمهوری اسلامی در حوزه‌ی مرجعیت اعمال فشار و ممانعت از مرجعیت مرحوم آیت الله سید محمد روحانی است. مطابق ضوابط سنتی حوزه های شیعی آن مرحوم در دهه‌ی هفتاد شمسی در مظان اعلمیت بوده است. اینکه یک مجتهد نهایتا متجزی به زور قدرت سیاسی اعلام مرجعیت کند و مانع از مرجعیت رسمی مجتهد مطلقی که در مظان اعلمیت است بشود از بدعتهای جمهوری اسلامی است. با ممانعت نظام از عمل به وصیتش، جنازه‌ی وی به اعتراض در منزل مسکونیش دفن شد. این کتاب شرح قضایای آیت الله روحانی با انقلاب و جمهوری اسلامی در دو محور مباهته و مرجعیت از منظر دینی و اخلاقی است.
سیدعباس خاتم یزدی یکی از اعضای هیئت استفتای آیت‌الله خمینی در نجف و قم پنج نقطه‌ی نزاع بین آقا سید محمد روحانی و آقا سید روح الله خمینی بر می شمارد.
روایتهای سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور، محمدرضا رحمت، و محمدحسن اختری از روحانیون مبارز نجف و طرفداران آیت‌الله خمینی درباره فعالیتهای سیدمحمد روحانی
در این فصل ابتدا اظهارنظرِ نخستِ مورخ رسمی انقلاب و نویسندۀ کتاب «نهضت امام خمینی» سیدحمید روحانی زیارتی از اعضای موثر روحانیون مبارز نجف نقل و بررسی می‌شود، سپس روحانیون مبارز نجف از زبان خود آن‌ها معرفی شده، بعد از نقل و بررسی حکم آیت‌الله خمینی برای وی به‌عنوان مورخ انقلاب اسلامی اظهارنظر ثانوی نامبرده درباره‌ی سیدمحمد روحانی نقل و تحلیل شده است.
به روایت جلال‌الدین فارسی دو طلبۀ جوان (که وی نام آن‌ها را نمی‌برد) برای بدنام کردن آیت‌الله روحانی چکی را جعل می‌کنند و ادعا می‌کنند پستچی اشتباهاً آن‌را به آدرس یکی از این دو طلبه داده است. (شباهت اسمی یکی از این دو با نام فامیل «روحانی» می‌تواند دلیل ظاهراً موجهی برای اشتباه پستچی باشد.)
در این فصل روایت عباسعلی عمید زنجانی و روایات اولیه و ثانویه سیدمحمود دعایی درباره آقا سید محمد روحانی گزارش شده است.
این فصل از دو باب تشکیل شده است. در باب اول بخشی از خاطرات سیدمنیرالدین دربارۀ سیدمحمد روحانی نقل و بررسی می‌شود. باب دوم به نقد و بررسی جایگاه علمی و میزان اعتبار راوی اختصاص دارد. ارزیابی دعاوی وی خاتمۀ این فصل است. استدلال تاریخی حجت‌الاسلام سیدمنیرالدین حسینی شیرازی این است: «اگر کسی آب به آسیاب ابلیس ریخت، نفس همین امر برای انتساب به ساواک کافی و از هر سندی بالاتر است. ما با ساواک برای چه مخالف بودیم؟ یا با امریکا؟ آیا جز این بود که با دستگاه خدا مخالفت می‌کردند؟»
در این فصل به دو روایت دیگر درباره آقاسیدمحمد روحانی اشاره شده است، یکی شیخ‌الشریعه عضوِ دفتر آیت‌الله خمینی در نجف و قم، و دیگری حسن لاهوتی اشکوری نمایندۀ آیت‌الله خمینی و نخستین امام جمعۀ رشت.
در این فصل به پنج گزارش متفاوت دربارۀ آیت‌الله روحانی اشاره شده است: یکی از بستگان نزدیک آیت‌الله روحانی؛ محمدحسین اشعری؛ محمدفاضل استرآبادی؛ محمدعلی گرامی؛ و نویسنده.