در این فصل به دو قسمت از بیانات عمومی آیت‌الله خمینی که مسئلۀ آیت‌الله روحانی را نیز در بر می‌گیرد اشاره می‌کنم: الف. آخوندهاى دربارى را طرد كنيد؛ ب. نظر آیت‌الله خمینی دربارۀ شایعات و تهمت‌های ايادي پنهان و آشكار آمريكا و شاه
دو نامۀ تاریخی آیت الله خمینی در سال‌های ۱۳۴۹ و ۱۳۵۲ در پاسخ به آیت‌الله سیدصادق روحانی درباره‌ی قضایای آیت‌الله سیدمحمد روحانی
علاوه بر سیدمحمد روحانی، برخی دیگر از فضلای نجف و بیروت هم از بداخلاقی‌های طلاب جوان انقلابی نجف در امان نماندند. ازجمله این فضلا مرجع و متفکر شهید آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر و فاضل مفقودالاثر آیت‌الله سیدموسی صدر است. آن‌ها نیز توسط برخی از همین انقلابیون نجف به «عامل امپریالیسم و صهیونیسم» متهم شدند. هر دو متهم در آن زمان از مروّجان مرجعیت آیت‌الله خوئی بودند.
حوزه نجف در سطح مرجعیت در درس اخلاق عملی در سال‌های ۴۴ تا ۵۶ نمرۀ قبولی نگرفت. آیت‌الله روحانی و اطرافیانش نسبت به فقیه تبعیدیِ قم نه تنها حق مهمان‌نوازی را به‌جا نیاوردند بلکه با ترک فریضۀ امر به معروف و نهی از منکر نسبت به رژیم جائر پهلوی نسبت به مبارزین و مجاهدین و در رأسشان آیت‌الله خمینی ظلم کردند. ازآن‌سو برخی اطرافیان آیت‌الله خمینی با افترا و بهتان کوشیدند رقیب ضد انقلابیِ آیت‌الله خمینی را از میدان به در کنند. متأسفانه ازسوی آیت‌الله خمینی نه تنها برخورد تنبیهی مناسبی با مفتریان و جاعلان و بهتان‌زنندگان صورت نگرفت بلکه برخی از آن‌ها مسئول تدوین تاریخ انقلاب شدند. انقلاب از بوتۀ آزمون اخلاقی سربلند بیرون نیامد.
در این فصل قضیۀ مرجعیت شیعه بین سال‌های ۱۳۷۱ تا ۱۳۷۶ در ضمن سه فصل در حد منابع موجود بررسی شده است: الف. مرجعیت شیعه پس از وفات آیت‌الله خویی؛ ب. تضییقات مراجع ناراضی پس از اعلام مرجعیت رهبری؛ ج. تضییقات خاص مرجعیت آیت‌الله روحانی
نخستین چیزی که در مطبوعات ایران دربارۀ آیت‌الله روحانی اجازۀ نشر یافت خبر مرگ وی بود. جمهوری اسلامی مانع از انتشار خبر درگذشت، مجالس ترحیم و چهلم وی نشد. هرچند اینکه اجازۀ عمل به وصیت وی در دفن کنار مدفن پدرش در مسجد بالاسر حضرت معصومه داده نشد، و جنازۀ وی به اعتراض در منزل مسکونی‌اش دفن شد، اجازۀ انتشار نیافت.
این فصل شامل سه قسمت است: نقد اخلاقی آیت‌الله روحانی در نجف؛ نقد اخلاقی آیت‌الله خمینی در نجف و تهران؛ و نقد اخلاقی دخالت جمهوری اسلامی در مرجعیت شیعه. انقلاب اسلامی در نجف و جمهوری اسلامی در ایران با تقدم سیاست و انقلاب بر اخلاق و دیانت پیروز شد و تداوم یافت. قاعده این بوده است: تداوم انقلاب و حفظ نظام اوجب واجبات است و عنداللزوم بر کلیۀ احکام شرعی و موازین اخلاقی مقدم است.
من بسیاری از زندانیان سیاسی که امروز مورد ضرب و جرح قرار گرفته به سلول انفرادی منتقل شده اند را از نزدیک می شناسم و به مسالمت‌جویی، آزادگی و وطن خواهی آنها شهادت می دهم. از وضیعت پیش آمده برای این شخصیتهای زبده‌ی سیاسی و اجتماعی بسیار نگرانم.در اعتراض به ضرب و جرح و خشونت زندان‌بانان جمهوری اسلامی به زندانیان سرفراز جنبش سبز به افکار عمومی تظلم کنم، و اگر در مقامات جمهوری اسلامی گوش شنوایی یافت شد و حقوق زندانیان را رعایت کردند و زندانیان سیاسی را از جاسوسان و زندانیان غیرسیاسی جدا کردند چه بهتر. و اگر خدای ناکرده تجاوز و ظلم مضاعف به زندانیان سیاسی ادامه یافت شکایت به مجامع بین المللی قدم بعدی خواهد بود.
این حرفهایی هم که اخیرا آقای محسن کدیور نقل کرد من تازه شک داشتم درست است یا نه. آقای کدیور اگرچه به خاطر دفاع از آقای شریعتمداری نقل کرد، اما برای من ثابت شد، که یک چیزی قطب‌زاده می‌خواست انجام بدهد، ثابت شد که آقای شریعتمداری هم خبردار شده، و ثابت شد که آقای شریعتمداری گفته نمی توانید انجام دهید، یعنی نهی نکرده و ثابت شد که نیامده اطلاع دهد. این چهار نکته را کنار هم بگذارید، اگر این چهار تا درست باشد، برخورد ناعادلانه‌ای نشده است. آقای کدیور از طریق مصاحبه های خود آقای شریعتمداری و نامه‌های خود آقای شریعتمداری، به عنوان حامی ایشان این چهار نکته را ثابت کرده است.