مهمترین کار کرد مرجعیت حفظ هویت مذهبی بوده، این حفظ هویت از طریق تداوم آموزش و پرورش در حوزه های علمیه صورت گرفته، به عبارت دیگر طلبه های حوزه های علمیه شاگردان این مراجع بودند و اینها آن سنت مذهبی را تداوم بخشیده اند. نظارت بر مناسک دینی در جامعه کار کرد دیگر مرجعیت بوده است. با پیشرفت علوم مدرن در جامعه بخصوص با علوم انسانی و علوم اجتماعی و مدعیان جدید در حوزه‌ی فلسفه، عرفان، فلسفه های مضاف از قبیل فلسفه دین، فلسفه حقوق، فلسفه اخلاق، دستهای جدید وارد کار شده اند که لزوماْ دیگر مرجعیت تنها سخنگوی مذهب در جامعه نیست.مرجعیت ، مرجعیت فقهی است، یعنی اینها فی الواقع قدرتهای علمی در حوزه فقاهت هستند اما دیانت مساوی فقاهت نیست، دیانت عرصه های دیگر هم دارد، اعتقادات است، اخلاق است، تفسیر است، حدیث است، خوب اینها هر کدام متخصص خودش را دارد.مسئله تقلید فقط مربوط به حوزه فقاهت است، در حوزه اعتقادات تقلید مجاز نیست، جایز نیست کسی در حوزه‌ی اعتقادات از کسی تقلید بکند.