موضوع مرتدّ در روایات و کلمات فقها بیش از تغییر دین یا خروج از اسلام است و بار اضافی دارد. آن بارِ اضافی، ملحق‌شدن به صف مخالفان اسلام یعنی مشرکان و کافران است. مرتدّ در آن دوران صرفاً از اسلام خارج نمی‌شد، به‌علاوه آنکه در جنگ تبلیغاتی علیه اسلام، مشارکت می‌کرد؛ با اعلام پیوستن به اردوی دشمنان اسلام، وارد نوعی محاربۀ سیاسی، فرهنگی و نظامی علیه مسلمانان می‌شد. درحالی‌که مرتدّ مورد بحث در بنای عُقلای معاصر، خروج از اسلام است بدون کلیۀ قیود یادشده بدون لحاظ قصد شخص. به‌عبارت‌دیگر ارتدادِ موضوعِ بنای عُقلای معاصر، از جملۀ آزادی‌های فرهنگی و دینی انسان است؛ اما ارتدادِ موضوعِ احکامِ شرعی، از جملۀ جرایم سیاسیِ شبیه محاربه است، و این دو با هم تفاوت دارند.
از دیدگاه اسلام، مردم در انتخاب دین و عقیده آزادند و هیچ‌کس را نمی‌توان بر پذیرش دین حق و عقیدۀ صحیح، مکره و مجبور کرد. اسلام کثرت ادیان و عقاید پس از دعوت الهی به دین حق را به‌رسمیت شناخته است؛ به این معنی که گروهی دعوت الهی را اجابت می‌کنند و افرادی بر ضلالت می‌مانند.از دیدگاه اسلام، کسانی که در دنیا آگاهانه و لجوجانه دعوت الهی را اجابت نکرده‌اند و دین و عقیدۀ باطل برگزیده‌اند در آخرت مجازات می‌شوند. در اسلام، مجازات دنیوی برای دین و عقیدۀ باطل پیش‌بینی نشده است. کسی را نمی‌توان با اکراه از تغییر دین باز داشت. ارتداد، مجازات دنیوی ندارد؛ اما اگر توأم با جحد و عناد باشد، عذاب اخروی شدیدی در پی دارد. آزادی عقیده و مذهب در اسلام امضاء شده است و روایات وجوب قتل و مهدورالدّم بودن مرتدّ با قرآن کریم ناسازگار هستند.
حکم به مهدورالدّم بودن افراد به اتهام ارتداد یا سبّ‌النبی فاقد مستند معتبر شرعی از کتاب و سنت و اجماع و عقل است؛ بلکه برخلاف قرآن و عقل بوده و به‌دلیل مفاسد متعدد مترتب بر آن، یقیناً موجب وهن اسلام است. صدور حکم قضایی تنها به‌عهدۀ محکمۀ صالح و اجرای آن تنها در صلاحیت ضابطین قضایی است. حکم فقیه جامع شرایط فتوا، از محکمۀ صالحه کفایت نمی‌کند. خروج از دین و ارتداد هیچ مجازات دنیوی ندارد. اعدام افراد به‌دلیل اهانت به پیامبر(ص) و قرآن مجید و مقدسات دینی، امری غیرقابل دفاع است.
محمدجواد فاضل لنکرانی به نقدهای وارده به دومین بیانیۀ خود دربارۀ ارتداد از جمله «رسالۀ نقد مجازات مرتدّ و سابّ‌النبی» پاسخ نداد. در پایگاه اطلاع‌رسانی وی سه مطلب مرتبط با این بحث به‌چشم می‌خورد که عیناً در این قسمت درج می‌شود: خطابه در مراسم افتتاحیۀ سال تحصیلی جدید دانشگاه قم ۱۳۹۱؛ پاسخ به سه پرسش حقوقی حسین جعفری (بهمن ۱۳۹۱) و پاسخ به سؤالی پیرامون حکم ارتداد (فروردین ۱۳۹۲)
برای آشنایی بیشتر با افکار رافق تقی مطالبی به قلم خود وی و مدافعانش پیوست کتاب را تشکیل می‌دهد. ترجمۀ متن کامل مقالۀ «اروپا و ما» در نشریۀ صنعت قزئتی (اکتبر ۲۰۰۶) مقاله‌ای که به صدور حکم ارتداد و درنهایت قتل وی انجامید، نخستین پیوست کتاب است. دو نامۀ سرگشادۀ گونای تبریزی (اسم مستعار یکی از مدافعین هم‌زبان رافق تقی) در نقد بیانیۀ اول و دوم محمدجواد فاضل لنکرانی، دومین و سومین پیوست کتاب را تشکیل می‌دهد. سه مصاحبۀ رافق تقی قبل از ترور به انتخاب و ترجمۀ گونای تبریزی آخرین پیوست کتاب است.
همچنانکه اعدام و مجازات مرتد از سوی دینداران باید کلا ملغی اعلام شود، اهانت و تمسخر هم می باید از سوی ملحدان و دین ناباوران به عنوان جرم و ضد ارزش به رسمیت شناخته شود. هر دو گروه دین دار و ملحد می باید آزادی انتقاد را به رسمیت بشناسند.
ما با صراحت اهانت به باورهای دینی مسلمانان و اعتقادات مذهبی شیعیان را در هر قالبی محکوم می کنیم. ائمه اهل بیت (ع) مورد احترام همه مسلمانان هستند و به باور شیعیان پس از پیامبر (ص) منبع معارف اسلامی محسوب می شوند. مجازات اهانت و تمسخر و تحقیر مطلقا اعدام نیست. مجازات را قانون گذار پیش بینی می کند. قانون نیز می باید حداقل موازین بین المللی حقوقی را دارا باشد. آیا با اینگونه فتاوا و احکام نسنجیده قرار است تروریستی بودن تعالیم اسلامی توسط آقایان محترم تثبیت شود!؟ لازمه چنین فتوایی سازماندهی مقلدان برای اجرای آن است (روانه کردن تیمهای ترور به دیگر کشورها). بعید است آقایان این روش و نتایج زیانبار آن را برای اسلام، تشیع و کشور بپذیرند. فقیهان محترم بجای پرداختن به معلول به علت بپردازند. به جوانان و مردم خسته از جور جائران به نام دین نشان دهید که اسلام مساوی جمهوری اسلامی نیست.
مدارا در قبال اندیشه متفاوت و مدارا در قبال نقد دین اخلاقا و شرعا بسیار امر درستی است. من حتی در قبال توهین به پیامبر (ص) یا قرآن نیز دعوت به مدارا می کنم به این معنی که بجای قتل و تظاهرات خشونت آمیز، مسلمانان معترض بسوی تحریم اقتصادی دولی پیش بروند که شهروندان آنها رعایت اخلاق و رواداری لازم را در قبال پیامبر اسلام (ص) و کتاب الهی مسلمانان نمی کنند. به آنها فرصت دهیم تا ضرر اقتصادی ناشی از اهانت به آراء میلیونها مسلمان را در عمل بچشند. بگذارید همگان بدانند انتقاد از قرآن و پیامبر (ص) از ضروریات آزادی بیان است، اما اهانت به پیامبر (ص) و کتاب آسمانی اشاعه‌ی گفتار نفرت زا و مخلّ به آزادی بیان است. و از همه مهمتر بهترین شیوه مقابله با این آثارسخیف و موهن تولید آثار قوی هنری و فرهنگی در اشاعه ی رحمت و اخلاق پیامبر اسلام و تعالیم سازنده ی اوست.
با اظهارنظر مورخ ۸ آبان ۱۳۹۲ آیت‌الله ناصر مکارم‌شیرازی علیه مقالۀ «امام؛ پیشوای سیاسی یا الگوی ایمانی؟» دکتر سیدعلی‌اصغر غروی نویسندۀ آن بازداشت و روزنامۀ بهار (ناشرِ آن) توقیف شد.
ما (اساتید ایرانی دانشگاه های آمریکا و اروپا) این دور تازه از حملات خشونت بار خودسرانه بر علیه مردم فلسطین را محکوم می کنیم. گستره و ژرفای تلفات و خسارات ناشی از این حمله، که اسرائیل آنرا برای رسیدن به اهدافش در فرسایش قدرت اندک نظامی سازمان حماس هزینه ای قابل قبول می شمارد نزد ما غیر قابل قبول و مخالف وجدان بشری محسوب می شود. ما باور داریم که قتل و ترور نظام یافته فلسطینیان نقشه حساب شده دولت نتانیاهو برای نابودی ائتلافی ملی میان فلسطینیان، و بهانه ای برای اشغال و غصب زمین، آب، و معاش فلسطینیان است. کسانی که مکررا از "حق دفاع" اسرائیل در برابر موشک های حماس سخن می گویند اما در برابر تلفات بیش از 200 نفر فلسطینی در این دور از حملات اسرائیل بی تفاوت باقی مانده اند باید در مورد "حق دفاع" فلسطینیان نیز پاسخگو باشند. چه کسی از آنها در برابر هجوم های غیر قانونی و بمب های اسرائیلی که از جت های آمریکائی فرو می ریزند محافظت خواهد کرد؟