تعلیقات آقای مؤمن در زمستان ۱۳۷۳ بر مقاله‌ی ۹۵ صفحه‌ای «مشروعیت الهی (قسمت اول): مبادی تصوری ولایت مطلقه‌ی فقیه» اینجانب به‌طور نسبی عالمانه، مؤدبانه و منصفانه‌ است.با تحلیل انتقادی موارد هشت‌گانه و نقل مواضع مرتبط از سه کتاب نویسنده در توضیح آن موارد مشخص شد که در هیچیک از موارد هشت‌گانه حق با جناب آقای مؤمن نیست، یا حداقل بحث مبنائی است، و نویسنده هم‌چنان از همان مواضع مکتوب در مقاله دفاع می‌کند و بر رأی مختار خود دلیل متقن اقامه کرده است. مقایسه‌ی این تعلیقات با لحن و محتوای دو مصاحبه‌ی اخیر آقای مؤمن قمی بهترین أماره‌ی وضعیت فعلی عدالت و انصاف ایشان است. آقای مؤمن یکی از نمایندگان نظریه‌ی رسمی «ولایت انتصابی مطلقه‌ی فقیه» است. دیدگاه ایشان در باره‌ی کلامی یا فقهی بودن ولایت فقیه، شرعی یا عرفی بودن ولایت و نیز وظیفه‌ی مردم که چیزی جز اطاعت محض از اوامر ولی امر نیست فلسفه‌ی سیاسی خاصی است که با فلسفه‌ی سیاسی نویسنده از بنیاد متفاوت است. مباحثی از قبیل حکومت در اسلام بحثی فلسفی و برون دینی، حکومت امر عرفی، حکومت امر امضائی، حکومتهای مشابه ولایت فقیه (فیلسوف‌شاهی افلاطونی، قیمومت آباء کلیسا در قرون وسطی بر رعایای مسیحی، ولایت مطلقه‌ی انسان کامل در عرفان محی‌الدین ابن‌عربی و شاهنشاهی فرّهمند ایران باستان)، حکومت امر امضائی و بالاخره بحث از امکان سیاست دینی محورهای جدی چالش دو مبناست. پیروان مبنای نخست قائل به انحصار تلقی صحیح از اسلام هستند، طبیعی است هر کسی را که چون آنها نیندیشد به یکی از صفات خروج از دین، یا بی‌سوادی یا هر دو متهم کنند.
پروتستانیسم اسلامی واژه مبهمی است که جز در دستگاه فکری مرحوم علی شریعتی به ندرت توسط دیگر روشنفکران و نواندیشان مسلمان اعم از سنی و شیعه به‌کارگرفته‌شده است. بنیادگرائی اسلامی سنی و شیعی هیچ ربطی به روشنفکری دینی و نواندیشی اسلامی ندارد. اگر قرار باشد برای داعش و اخواتش معادلی در ایران یافت شود باید در میان مشروعه خواهان، فدائیان اسلام، و زمامداران جمهوری اسلامی ردش را پیگیری کرد نه روشنفکری دینی و نواندیشی اسلامی. اینها نعل وارونه‌زدن و آدرس غلط دادن است. «خلافت سنی» روی دیگر سکه‌ی «ولایت فقیه شیعی» است.
هر جریانی که توان جذب شنونده و وجوهات داشته باشد، به مجرد ابراز کمترین انتقاد باید منتظر برخورد و تضییقات باشد. این قاعده‌ی جمهوری اسلامی بوده و هست. در حد اطلاع من رویکرد مذهبی جریان یادشده قابل انتقاد است، اما برخورد حاکمیت با ایشان خلاف قانون، خلاف شرع، و خلاف موازین حقوق بشر است. هرگونه اعتراف و اقرار متهم تحت فشار در طول بازداشت شرعا و قانونا و مطابق موازین حقوق بشر فاقد اعتبار است و عاملان فشار و گیرندگان چنین اعترافاتی مستوجب محاکمه و مجازات هستند.
متن کامل این نُه نامه برای نخستین بار در کنار هم در اینترنت منتشر می‌شود. این مجموعه اسناد نقض قانون اساسی، زیرپاگذاشتن حقوق شهروندی توسط منصوبین رهبر جمهوری اسلامی در شورای نگهبان، و تبدیل «مجلس خبرگان ناظر بر رهبر» به «مجلس خبرگان منصوب رهبری» است. عناوین این ۹ نامه عبارتند از: ابلاغ رد صلاحیت اینجانب توسط فقهای شورای نگهبان در نامه‌ی فرماندار تهران، اعتراض اینجانب به فقهای شورای نگهبان، تظلم به هیأت محترم پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی، دو نامه‌ی رئیس هیأت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی به دبیر شورای نگهبان، دو پاسخ دبیر شورای نگهبان به مشاور رئیس جمهور و دو نامه‌ی رئیس جمهور به رئیس هیأت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی در فاصله‌ی مهر تا دی ۱۳۷۷
ترتیب اسلام وقتی که خود را برنامۀ هدایت و ایصال انسانها به سعادت واقعی معرفی می‌کند، به انتشار افکار و کتابهایی که در تعارض اشکار با اصول ومبانی این اندیشه باشند اجازه نمی‌دهد. در محدودۀ مسلّمات دینی، تساهل و تسامح ورزیدن همان خروج محترمانه یا رندانۀ از دین است. در واقع در جهان تشیع یک نظریه بیشتر در باب حکومت دینی نیست و آن هم ولایت فقیه به همین معنایی است که امروز ما می‌فهمیم .
در نامه‌ی مورخ ۱۵ اسفند ۱۳۷۷ در زندان توسط خانواده‌ام به هیات پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی شکایت کردم و خواستار دخالت این هیأت و اظهار نظر درباره‌ی غیرقانونی بودن دادگاه ویژه‌ی روحانیت، جلوگیری از محاکمه به خاطر ابراز عقیده، رسیدگی به اتهاماتم به عنوان جرائم سیاسی و مطبوعاتی در محاکم عمومی دادگستری به صورت علنی با حضور هیأت منصفه شدم. از پیگیری آقای سیدمحمد خاتمی رئیس جمهور تا سال ۱۳۸۴ بی‌اطلاع بودم. در کتاب وظیفه دشوار نظارت بر اجرای قانون اساسی: مجموعه مکاتبات و نظریات حقوقی هیأت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی ۸۴-۱۳۷۶، گردآورنده حسین مهرپور، چهار نامه‌ی مهم در پیگیری ریاست جمهوری در مورد بازداشت و محاکمه‌‌ی من آمده است. واضح است که پیگیری سیدمحمد خاتمی رئیس جمهور اصلاح طلب در نظام ولائی به جائی نرسید و رئیس قوه‌ی قضائیه به نامه‌ی ایشان پاسخ نداد، و اولیاء دادگاه ویژه نیز به تذکرات قانونی ایشان وقعی ننهادند، اما اقدامات خاتمی و مهرپور و همکارانشان برگهایی زرین و ماندگار از دفاع ایشان از حقوق شهروندی مردم ایران است. «تتمه‌ی کتاب بهای آزادی» را که متن کامل چهار نامه‌ی یادشده به نقل از کتاب مذکور است عینا در فضای الکترونیکی منتشر می‌کنم.
جناب آقای مؤمن قمی در جدالی غیرحَسَن بدون این‌که زحمت مطالعه‌ی کتابهای مرا بر خود هموار کنند، تنها بر اساس شنیده‌هایش با نسبت‌دادن آراء اینجانب به «حرف‌های بی‌مبنا»، «لاطائلات»، «بی‌ارزش بودن»، «حیف وقت برای پاسخ‌گویی»، و انتساب «بعضی آدمهای نفهم»، «یک عده مغرض» به این حقیر و بالاخره با افترای «سقوط تا آنجا که کلا در اختیار اغیار قرار گیرد»، به دلیل کم‌آوردن در «نقد علمی ماقال» که شیوه‌ی مرضیه‌ی ائمه‌ی مدرسه‌ی اهل‌بیت است به «تخریب ضداخلاقی مَن قال» که مشی رایج تفکر جزم‌اندیشانه و ارباب قدرت است درغلتیده‌است. جناب آقای مؤمن قمی فردی را از نظر شرکت در دروس و پیشرفت علمی ضعیف اعلام کردند که اولا در امتحانات کتبی سراسری حوزه‌ی علمیه‌ی قم در سال ۱۳۶۷ نفر اول شده و از مراجع وقت جایزه گرفته است، ثانیا در محضر قوی‌ترین اساتید وقت قم طی شانزده سال درس خوانده، ثالثا از فقیه اقدم و افضلی همچون مرحوم استاد منتظری و نیز آقای موسوی اردبیلی اجازه‌ی اجتهاد دارد، رابعا طی چهارده سال یکی از اساتید موفق حوزه در مدارس رضویه و مرحوم گلپایگانی بوده، خامسا یکی از مدعوین جلسات علمی دبیرخانه‌ی مجلس خبرگان رهبری در سالهای ۷۳ تا ۷۶ بوده است. ۴۷ تعلیقه‌ی آقای مؤمن بر مقاله‌ای که اکنون در کتب حکومت ولایی و حکومت انتصابی مندرج است بهترین سند علمیت نویسنده است. برخلاف ادعای بی‌پایه‌ی آقای مؤمن والدین نویسنده نه با عزیمت او به حوزه موافق بوده‌اند نه با معمم‌شدن وی. بدبختی و خوشبختی توسط ولی فقیه تعیین نمی‌شود. منتقد ولایت فقیه بودن هیچ تلارم منطقی با به دام مخالفان اسلام افتادن ندارد. آقای مؤمن قمی با شاقول سیاست با اظهاراتی بی پایه و غیرمنصفانه و خلاف واقع سندی دیگر بر بی‌اعتباری آراء فقهای شورای نگهبان و روحانیون حکومتی ارائه کرده است. در قاموس این قوم هر که با نظر رسمی همراهی و هماهنگی کرد باسواد و اهل فضل است و از امتیازات مادی و معنوی برخوردار می‌شود، و هرکه همسو نبود یا زبانم لال انتقاد کرده بود ، نه تنها از همه‌ی حقوق و امتیازات مسلوب می‌شود بلکه در اینکه اصلا درس هم خوانده یا فهم کرده است تردید می‌شود. وقتی سیاست آقایان عین دیانتشان باشد سکان دیانت را سیاست به دست ‌می‌گیرد و همه‌ی داوری های علمی و دینی آغشته به تنگ‌نظری‌های سیاسی می‌شود. جامعه‌ی مدرسین مادر جزم اندیشی و شورای نگهبان از شاخه‌های آن است و جز همین منوال غیراخلاقی از آنها انتظاری نبوده و نیست.
انقلاب عملا‌ً‌ باعث شد که در موقعیت مرجعیت سیاسی و همسو با حکومت به شدت افزایش پیدا کند و از منزلت اجتماعی مراجع و روحانیون غیر همسو و نه لزوما‌ً سیاسی، غیر همسو، به شدت کاسته شود و با مراجع و روحانیونی که ابراز مخالفت ولو اندک می‌کردند، برخورد حذفی صورت بگیرد
بر ۹ کتاب منتشر شده جمعا ۲ کتاب و ۱۳۷ مقاله و یادداشت با عنوان نقد و بررسی انتشار یافته است. به‌طور متوسط بر هر کتاب ۱۵ نقد منتشر شده است. پنج کتابی که نقدهای بیشتری بر آنها منتشرشده عبارتند از: نظریه‌های دولت در فقیه شیعه (۲۸ نقد)، دغدغه‌های حکومت دینی (۲۸ نقد)، حق الناس (۲۶ نقد)، سیاست نامه‌ی خراسانی (۲۱ نقد)، حکومت ولایی (۲۰ نقد). دو کتاب مستقل نیز در نقد کتاب حکومت ولایی منتشرشده است. اکثر ناشران نقدها با بودجه‌ی بیت المال اداره می‌شوند. انتشار نقدها از سال ۱۳۷۱ آغاز شده اند. به طور متوسط سالی ۷ نقد منتشر شده است. نشریاتی که بیشترین نقد را منتشر کرده‌اند: در میان فصل‌نامه‌ها حکومت اسلامی و حوزه (هریک با ۴ نقد)، در میان ماه نامه‌ها بازتاب اندیشه (۸ نقد)، و در میان روزنامه ها رسالت (۲۷ عنوان، هر عنوان بین یک تا ۱۳ قسمت). به لحاظ تعداد نقد آقای دکتر بهزاد حمیدیه بیشترین تعداد نقد را به خود اختصاص داده است: ۸ نقد.
شریعت و سیاست: دین در عرصه‌ی عمومی، ۴۵۷ صفحه، تاریخ تدوین ۱۳۸۷؛ تاریخ انتشار الکترونیکی ۱۳۸۸ پس از ناامیدی از امکان انتشار کاغذی؛ تاریخ طرح جلد: مرداد ۱۳۹۳ پس از اطمینان از ممنوع‌القلمی نویسنده؛ رونمایی کتاب پس از شش سال!